Wednesday, May 27, 2015

一旦有 分子因突變而產生略微不同的變 種,它們之間針對有限資源的競 爭,便會啟動分子之間的自然選擇 過程。具有複製能力的分子系統開 始演化,不可避免的,會變得更有 效率、更加複雜。 我們在卡內基學院的長程研究目 標是:證明簡單的化學步驟可以產 生有複製能力的分子系統,結果也 許是個與所有生物細胞都有關的代 謝循環分子。

一旦有 分子因突變而產生略微不同的變 種,它們之間針對有限資源的競 爭,便會啟動分子之間的自然選擇 過程。具有複製能力的分子系統開 始演化,不可避免的,會變得更有 效率、更加複雜。 我們在卡內基學院的長程研究目 標是:證明簡單的化學步驟可以產 生有複製能力的分子系統,結果也 許是個與所有生物細胞都有關的代 謝循環分子。


愛斯基摩人的文化社會與家庭生活 - GIS暨旅遊資源中心
空氣、岩石和 水是早期地球僅有的原料, 第一個生物體必定 是以這些原始素材 建造而成的。最近有一些實 驗結果顯示, 礦物這種岩石 的基本成分, 在形成生命的奇妙過程中, 可能扮演舉足輕重的角色。 撰文 赫森(Robert M. Hazen) 攝影 路易斯(Robert Lewis) 翻譯 儲三陽 www.sciam.com.tw 科學人 81 科學人 ◆2002年1月號 F E L D S P A R S P E C I M E N C O U R T E S Y O F T H E A M E R I C A N M U S E U M O F N A T U R A L H I S T O R Y , W I T H P E R M I S S I O N O F T H E D E P A R T M E N T O F E A R T H A N D P L A N E T A R Y S C I E N C E S 82 荒 涼的原始地球上,生命是怎麼出現的?沒有人 知道,但有一點是確定的:生命起源必然是個 化學事件。地球在45億年前形成,最初的5億年間, 地表週期性遭受隕石撞擊,如地獄般毫無生機,可是 在接下來的幾億年中,卻出現了大量的微生物。這段 期間,第一個生物必定是以空氣、水和岩石建造的。 這三種原料中,大氣和海洋一直在生命起源的故事 裡被認為是主角,而岩石和組成岩石的礦物,只不過 是配角,甚至是道具。現在科學家覺悟到,給它們編 派那麼有限的角色,是個錯誤。的確,最近發表的許 多精采實驗結果,揭露了礦物才是主角的事實:在形 成生命的基本化學反應中,礦物舉足輕重。 生命起源故事的第一幕,必然是形成一批可以自我 複製的含碳分子,這是生命演化的第一步。即使只是 跨出這一步,也涉及一系列的化學變化,一群有機分 子的結構與複雜度在這個過程中逐步提升。太古地球 上最豐富的含碳分子是一氧化 碳、二氧化碳和甲烷,都是只 有一個碳原子的小分子,但在 生物的基本組成單元裡,每個 分子也許就包含十幾個碳原 子,像含有高能量的糖類、可形成細胞膜的脂質及複 雜的胺基酸。為執行形成生命的化學任務,這些分子 還得再鍵結成長鏈狀的聚合物,以及其他的種類。原 始地球的惡劣環境中,強烈的紫外線往往會快速分解 剛聚合成的分子,因此要將小分子連結成這些複雜、 伸展的結構,也就特別困難。 為使生命戲碼順利上演,就必須保護含碳分子,並 給予協助。在衍生生命的化學反應中,礦物至少可以 扮演五種要角,從被動的道具到主動的演員全包了。 礦物結構中的微小孔洞可以庇護簡單分子,表面則提 供了讓分子聚合、成長的支架。此外,某些礦物的晶 體表面可以主動選擇特定分子,這些分子與後來扮演 重要生化角色的分子很相似。其他礦物中的金屬離子 能催化重要反應,例如將小分子轉化成具複製能力的 實體。最近的發現更令人驚訝:礦物溶解在水中後, 有些元素會併入生物分子。換句話說,礦物可能不只 協助生物分子結合,它們也成為生物的一部分。  1859年達爾文發表《物種起源》一書之後,有大半 個世紀,許多科學家都在臆測生命的化學起源為何。 有些人頗有遠見,在他們發明的情節中提到岩石和礦 物質,但是實驗結果並不怎麼支持這些臆測。 其中最著名的實驗之一,是1953年在美國芝加哥大 學完成的。當時,年少聰慧的研究生米勒,嘗試在玻 璃瓶中模擬地球的原始海洋與大氣;他是1934年諾貝 爾化學獎得主游理的學生。米勒把甲烷、氨和其他被 視為是早期大氣層中的氣體,加上一些水密封在燒瓶 裡,然後在氣體中放電產生火花,模擬史前閃電風 暴。結果清水先變成粉紅色,再轉為褐色,此時水中 已富含胺基酸及其他重要的有機分子。米勒以這個簡 單而精采的實驗,扭轉了生命起源研究的方向,使它 過去認為,礦物在生命起源過程只是配角,但 越來越多證據顯示,礦物很可能是重要參與者。 從純粹臆想的哲學遊戲,轉變成精 確的實驗科學。媒體趁勢炒作這個 結果,預測人工合成的蟲子也許很 快就會從試管裡爬出來了。科學界 則比較自制,但是,還是有許多科 學家認為,在實驗室創造生命的主 要障礙已經搬開了。 然而不久後,這個樂觀想法就給 打消了。米勒也許發現一個方法, 可以利用原始地球上的水與氣體製 造出生物建材,但這些簡單單位如 何結合起來,形成例如蛋白質或 DNA這種複雜的分子結構?它們 又是在哪裡結合?畢竟,這些複雜 分子才是生命的真正元素。 要解開這個謎,米勒和其他研究 生命起源的科學家開始提出以岩石 作為道具的想法。他們推想,漂浮 海水中的有機分子,也許在岩石嶙 峋的海岸被沖進潮間帶水池。池水 反覆蒸發後,分子濃度愈來愈高, 就像湯在熱鍋中逐漸濃稠一樣。 不過最近研究人員已經想到,生 命要素也許堆積在更小的容器中。 有些岩石(像灰色的火山浮石)會 布滿「氣窩」,這是岩石還在熔融 態時,內部氣體膨脹而成。許多常 見礦物(例如長石)會在風化過程 中發展出微小坑洞。早期地球的岩 石上,每個小坑洞都可能各自進行 分子自我組裝實驗。只要有足夠的 時間和坑洞,搞不好分子就會組合 成最後稱得上「生命」的玩意兒。 這個推測的主要根據是:生命非 常脆弱,非岩石保護不能倖存。但 是1977年一個驚人的發現,挑戰 了傳統的生命脆弱觀點與起源方 式。在此之前,大多數科學家都假 定,生命是在海面(或接近海面的 www.sciam.com.tw 科學人 83 ◆ 長石:分子鏈成長過程的庇護所 礦物晶體的力量 表面看來,沒有任何物質比岩石更沒有生命跡象的了。那麼,岩石 及它的礦物成分怎麼會促成生命萌芽?答案在於「化學」。礦物從 簡單分子長成有序結構,就是透過化學反應。同樣的,所有生物, 細菌也好蝙蝠也罷,之所以能生長、生活、生殖,也是因為每個細 胞內發生的幾百種化學反應。 40億年前,地球上沒有生物;是化學改變了地球的表面,而不是生 物。在那個曠遠的時代,礦物、海洋、大氣是第一個生物體賴以成 形的僅有物質。因此,化學反應必定是生命起源的第一步。一系列 的化學變化,將空氣、水、礦物中的簡單成分,組裝成一群具有複 製能力的含碳分子。 最近有實驗顯示,要不是有礦物協助,這些關鍵變化根本就不可能 發生。礦物所扮演的角色包括了:庇護所、鷹架、模板、催化劑, 以及反應物。 模板︰方解石的不同晶面可以分別吸附左旋及右旋胺基酸分子。這個選 取過程可以解釋生物只利用左旋胺基酸的事實。 催化劑︰磁鐵礦,一種氧化鐵礦物,可以促成氮和氫重組成氨的反應。 氨是生物不可或缺的化合物,它是細胞取得氮的來源。 庇護所︰長石之類的普通礦石,風化後表面會出現大量小坑。這些小坑 可以保護生命分子的前驅物,使之不受致命輻射的破壞。 鷹架:黏土之類的成層礦物,可以將自由的有機分子限制在層間的空間 裡。簡單分子因為彼此接近而進一步反應,結合成複雜化合物。 反應物︰硫化鐵礦石在高溫高壓下就會溶出鐵和硫。某些生物酵素的活 性核心,就是由鐵和硫形成的,如烏頭酸A。 左旋胺基酸 方解石晶體 右旋胺基酸 氨 氫 氮 磁鐵礦 長石 前驅分子 烏頭酸A 簡單的 胺基酸 被抓住的 分子 黏土的單層 硫 鐵 科學人 ◆2002年1月號 84 84 科學人 I L L U S T R A T I O N S B Y K E N N E T H E D W A R D B i o G r a f x 場所),靠太陽能推動的化學反應 形成。可是,後來深海探測人員在 海底火山噴口附近的高熱水域中, 首度發現不同以往的生態系,使得 傳統生命觀起了變化。這些極端環 境沒有陽光潤浴,卻能支持複雜的 生物社群。這些黑暗的棲境中,生 物需要的能量大部分來自地熱而非 陽光。於是有些研究人員開始懷 疑:與生命起源相關的有機反應, 也許便是在這些深海熱泉附近的高 熱、高壓環境中進行。 米勒和他的同事都反對這個熱泉 起源假說,部分原因是胺基酸遇熱 後會很快分解。不過後來發現,只 有不考慮礦物扮演的關鍵角色,這 個理由才能成立。礦物也許是生命 要素的庇護所,我的實驗室(位於 華盛頓卡內基學院地球物理研究 所)最近得到可以支持這個點子的 證據,由我的同事布蘭德斯提出, 他現在任職於阿藍沙斯港的德州大 學海洋研究所。當年布蘭德斯還在 卡內基學院擔任博士後研究員,就 提出「礦物能使脆弱的胺基酸保持 完整」的假說。我們在1998年做 過一個實驗發現,正如米勒等人的 預測,白胺酸在200℃的高壓水 中,幾分鐘就分解了,但是布蘭德 斯在水中加入硫化鐵(深海熱泉常 見的礦物)後,白胺酸卻可以完整 維持幾天,因此有充裕的時間可與 其他重要分子發生反應。  即使適當原料已在安全的地方就 位了,例如潮間池、礦物表面的微 小洞穴或海床熱泉噴流系統裡,但 每個分子仍只是懸浮在水中。這些 零散分子需要類似鷹架的支撐結 構,以便攀附並相互反應。從稀溶 液中聚集分子有個簡單方法,可在 一個平坦表面上使分子聚集,遊蕩 分子也許會跑到潮間池的水面,或 者水面上類似浮油的化合物中。但 是對脆弱的分子而言,這種環境具 有相當大的潛在威脅,雷雨和紫外 線輻射對原始地球的折磨,程度是 今天的好幾倍。在這種條件下,分 子內的複雜鏈結會很快斷裂。 85 www.sciam.com.tw 科學人 ◆成層的礦物:建構分子的支架 具有地質學背景的生命起源學者 早就認為,礦物表面也許是另一個 吸附、組合重要分子的地方。這與 礦物容器的想法一樣,半個世紀前 就有人提出了。當時有幾位科學家 猜測,黏土有些特殊的性質,也許 可以吸附有機分子(見84頁圖)。 這些地表上到處都有的礦物,潮濕 時摸來有滑溜感,因為它們的原子 形成平滑的層狀構造,每層表面都 帶有電荷,可以吸附並固定有機分 子。這些猜測後來都獲得實驗證 實。1970年代末,以色列的一個研 究小組證明,胺基酸分子可以在黏 土表面聚集,並連結成短鏈分子, 構造類似具有生化功能的蛋白質。 研究人員發現:胺基酸水溶液蒸發 濃縮時,要是溶液中含有黏土,連 結反應就會發生。其實,這個實驗 條件與池底有泥巴的淺水池或潮間 池,實在沒什麼不同。 最近,兩個研究小組分別證明, 黏土與其他具層狀結構的礦物可以 吸附、組合多種不同的有機分子, 他們是美國阮塞勒科技學院的費里 斯,以及斯克里普斯海洋學研究所 的亞赫尼士。過去十年來,阮塞勒 的研究團隊做過一連串精采的實 驗,發現黏土可作為組合RNA基 本單位的支架。要知道,RNA可是 在細胞中將基因指令轉譯成蛋白質 的重要分子! 一旦有機分子有了礦物鷹架作為 支撐,就可以形成各式各樣的複雜 分子,但是其中只有少數幾種最後 會成為細胞的組件。這意味著當年 必然有某種模板,從原始分子中篩 選出具有重要生物意義的種類。最 近一些實驗再度顯示,礦物在篩選 過程中扮演了核心角色。  胺基酸與許多有機分子一樣具有 兩種形式,雖然由相同原子組成, 結構卻互為鏡像,這個現象稱為對 掌性或鏡像異構。但為方便溝通, 科學家將這兩個形式分別稱為「左 旋」(L型)及「右旋」(D型)。在 米勒等人的實驗中,產生的左旋與 右旋有機分子各占一半,毫無例 外。但是,生物體內的胺基酸近乎 100%為左旋型,這也毫無例外。 單一型式的胺基酸在所有生物體內 占有如此奇特的優勢,造成這個結 果的天擇事件,也許是生物界最難 以解開的謎團。 研究人員為解釋這個奇怪結果, 提出過許多理論,尋常的、匪夷所 思的都有。有一些天文物理學家認 為:地球形成之際就帶有過量的左 旋胺基酸,在塵埃與氣體構成的雲 裡產生,而太陽系就是由這種塵雲 形成。這理論的主要問題在於:經 此條件所產生的左旋與右旋分子, 兩者間的微小差距應不超過1%, 而我們的問題卻是左旋胺基酸獨霸 生物界的現象。 相對的理論則是:在地球形成之 初,左旋與右旋胺基酸各占一半, 然後因為某個特殊的物理環境偏愛 左旋,才造成它獨霸生物界的結 果。至於這個特殊的物理環境,我 認為,礦物晶面是最顯而易見的, 因為它們的表面結構互為鏡像(見 84頁圖)。2000年春天我專心研究 方解石(形成石灰石和大理石的常 見礦物),部分原因就是它往往擁 有漂亮的成對鏡像晶面。許多軟體 動物的殼中,方解石的化學結構與 胺基酸形成強固的鍵結。於是我猜 科學人 ◆2002年1月號 86 赫森自1976 年起,任職於美國華盛頓卡內基學院的地球物理研究所,致力研究礦 物在高壓環境中的性質。過去五年中,他設計的許多實驗都是模擬海底熱泉的高 壓環境。赫森在美國紐澤西州北部長大,孩提時代就對岩石和礦物產生興趣。他 在1975 年得到美國哈佛大學地球科學博士學位,到英國劍橋大學研究一年之後, 加入卡內基學院。1990 年起,他也兼任美國喬治梅森大學的地球科學教授。赫森 同時是一位具有職業水準的小喇叭手,發表過許多著作,包括論文與書籍,題材 則包括科學、教育、歷史和音樂。 某些礦物晶面可能具有篩選及聚集分子的 活性,因此它們注定有重要的生物功能。 C A L C I T E S P E C I M E N C O U R T E S Y O F L A W R E N C E H . C O N K L I N 關 於 作 者 www.sciam.com.tw 科學人 87 測,它的晶面上也許有某個可建立 化學鍵結的地方,只適合一種胺基 酸類型。為測驗這個假說,我與卡 內基的同事菲利(現任職美國普渡 大學)和喬治華盛頓大學的古弗藍 德合作,做了100個以上的實驗。 我們的實驗概念很簡單,但必須 在絕對乾淨的環境中進行,免得實 驗結果讓遍布環境中的胺基酸所污 染。我們將品相良好、拳頭大小的 方解石晶體,浸入一種常見的胺基 酸──天冬胺酸溶液中,裡頭的胺 基酸左右兩型各占一半。24小時後 取出晶體,用水洗出吸附在特定晶 面上的胺基酸分子。經過一次又一 次實驗,我們一再觀察到方解石的 左旋晶面偏愛左旋胺基酸,反之亦 然;在一些例子中,左右兩型的差 距可達40%。 有意思的是,表面有細小階梯的 方解石晶面具有最大的選擇性。這 結果讓我們想到:階梯邊緣也許會 迫使左旋、右旋胺基酸在各自的晶 面上整齊排列。要是環境條件適 當,這些整齊的胺基酸列也許就會 化合成類似蛋白質的分子,有些完 全由左旋胺基酸構成,也有完全由 右旋型構成的。如果蛋白質真的可 以這樣形成,我們的實驗結果就更 令人興奮了,因為最近有些其他團 隊發表的實驗結果顯示,某些蛋白 質有自行複製的能力。在地球的上 古史中,有複製能力的蛋白質,搞 不好就是在方解石晶面上形成的。 左旋與右旋的礦物晶面的數量, 在比例上大略相同,因此令左旋胺 基酸占有優勢的鏡像異構選擇性, 也許並沒有在世界各地同時發生。 我們的實驗結果顯示,第一組能自 行複製的分子,即今日地球上各色 生物的前身,是在特定時間、地點 出現的。最後成功發展出來的分 ◆ 方解石:篩選鏡像分子 子,之所以出現在偏好左旋胺基酸 的晶面上,可說完全是運氣。 在太古地球上,礦物質可作為分 子的庇護所、鷹架,以及選擇、組 織早期分子的模板,這是無庸置疑 的。但是,我們這些研究生命起源 的科學家都覺得,礦物實際上應該 是扮演更為積極的角色,例如形成 複雜生物分子時,必須經過一些關 鍵的合成步驟,而礦物也許是催化 這些步驟的推手。  1997年布蘭德斯在卡內基學院主 導的實驗,正可說明這個想法。生 物反應需要氨分子中的氮元素,但 是在原始地球上唯一普遍的含氮化 合物只有氮氣。工業上可以在高熱 金屬表面通過氮氣與氫氣以合成 氨,於是布蘭德斯便推想,也許海 底熱泉附近環境與工業製程有類似 的地方。果不其然,我們將氫氣、 氮氣與氧化鐵礦石(磁鐵礦)置於 高溫高壓的環境中(此為海底熱泉 的特徵),結果礦物催化了形成氨 的反應(見84頁圖)。 礦物也許催化了生命演化的第一 個關鍵步驟,這個觀念源自德國化 學家瓦特豪士,他現在是個專利律 師。瓦特豪士對生命起源深感興 趣,他在1988年提出了一個理論, 綜論有機演化的各個面相,認為礦 物扮演的角色除了模板、催化劑 外,還是驅動生物分子形成的能量 來源。而最主要的礦物,是深海熱 泉中含量豐富的鐵和鎳硫化物。他 認為,原始生物體是附著在黃鐵礦 (硫鐵化合物)帶有正電荷的表面 上;他也認為,這些生物體是從製 造黃鐵礦的化學反應中取得能量。 這個假說頗為合理,部分理由是: 有些代謝酵素(細胞中協助產生能 量的催化分子)確是以金屬及硫原 子集團作為構造核心。 過去三年來,瓦特豪士的大膽 理論影響了我們在卡內基學院的研 究方向。我的研究團隊包括地質化 學家科迪及岩石學家約德,我們的 研究焦點集中在:生物代謝過程是 否可以在沒有酵素,只有礦物(特 別是氧化物與硫化物)的條件下進 行?我們的策略很簡單,與著名的 米勒實驗同調,就是將原始地球上 已知的材料,包括水、二氧化碳與 礦物,放入受到監控的環境中,使 它們發生反應。實驗情境模擬典型 深海熱泉的高溫高壓環境,這壓力 足以壓碎骨骼,溫度足以消融肌 膚。我們大部分實驗都在測試這些 原始材料間的反應,先將實驗材料 密封在維他命藥丸大小的金質囊 中,再將六個金囊放入「約德彈」 內,這是一個笨重的鋼製高壓艙, 以接近2000個大氣壓的壓力擠壓 金囊,並將之加溫到250℃。 做這些有機合成實驗的主要目的 是「固碳」,就是在分子中塞入愈 來愈多碳原子,而這正是生命的基 本化學反應之一。反應有兩條路 徑,視我們使用的礦物而定。我們 發現,如果用工業界常見的費雪闕 布合成反應來增加碳原子,那麼許 多常見礦物都可以用來催化反應, 如鐵、銅、鋅的氧化物和硫化物。 透過這個程序,可以用一氧化碳 和氫建造鏈狀的有機分子。首先, 一氧化碳與氫反應,合成只含一個 碳原子的甲烷。再加入更多一氧化 科學人 ◆2002年1月號 88 ◆ 磁鐵礦:催化生化反應 礦物可能催化了關鍵性的化學反應, 幾個與生命演化相關的重要分子,便由此產生。 M A G N E T I T E S P E C I M E N C O U R T E S Y O F L A W R E N C E N . C O N K L I N 89 碳和氫,會形成含兩個碳的乙烷, 這個程序可以重複進行,每次都讓 碳鏈增加一個碳原子。利用這個反 應製造含碳分子,化工廠的研究人 員便可造出任何碳數的分子。1996 年我們完成第一個有機合成實驗, 加上伍茲赫爾海洋研究所的麥科洛 姆所作的廣泛研究,兩者都顯示, 在某種深海熱泉情境中,相關化學 反應在一天之內就可合成含30個碳 原子以上的長鏈分子。要是在今天 各地的深海熱泉中,簡單的無機分 子也可以透過這個反應來形成大型 有機分子,那麼在地球出現生物之 前,這種反應也一樣可以發生。 要是我們以鎳或鈷的硫化物做實 驗,增碳過程主要循羰基化途徑進 行,也就是塞入一個羰基(由一個 碳原子、一個氧原子組成)。羰基 很容易與鎳或鈷原子結合,可是鍵 結並不強,因此它還是可以與其他 分子結合,甚至「跳船」形成更大 的分子。我們做過一系列實驗,觀 察到九個碳的壬硫醇增長形成十個 碳的癸酸,這個分子與細胞內驅動 代謝反應的有機酸很類似。此外, 這項實驗使用的反應物質如硫醇、 一氧化碳和水,在硫化物豐富的海 底熱泉十分常見。我們重複這些簡 單的反應步驟,在這兒塞入一個羰 基、那兒接上一個羥基,便可合成 種類豐富、構造複雜的有機分子。 我們在卡內基學院做過1500個熱 液有機合成實驗,對於早期地球上 必然出現過的分子,提供了更多證 據。此外,這些努力顯示礦物還有 其他更複雜的行為,也許對生命的 化學性質有重大的意義。過去的生 命起源研究者都將礦物當作堅固、 不變的東西,是讓有機分子組合的 穩定舞台,但是我們卻發現,礦物 在高壓熱水中會溶解。透過這樣的 www.sciam.com.tw 科學人 ◆ 黃鐵礦:提供生化反應所需的能量 過程,礦物中的原子和分子也會成 為太古濃湯中的反應物。  我們第一次發現礦物也可作為反 應物,是最近由科迪領導的催化實 驗產生的意外結果。正如我們事前 所預期,金囊中的簡單分子混合物 經過羰基化反應後,產生了十個碳 的癸酸,但是在生成物中也發現相 當數量的硫、有機硫化物、甲硫醇 及其他含硫化合物。這些物質中的 硫必然來自硫化鐵礦物。 更驚人的是,鐵也會被釋出,它 使金囊中的水溶液呈現出耀目的色 彩。礦物溶解之後,鐵會形成紅色 及橙色的有機金屬錯合物,這是因 為鐵原子受到各種有機分子包圍。 我們正在研究這些錯合物的活性, 搞不好它們可以當作酵素,催化有 機結構的合成反應。 礦物可以作為生物不可或缺的化 學成分,這並不令人意外。已知海 底熱泉會溶解、濃縮礦物,海底熱 泉附近會長出幾十呎高的巨大硫 柱,因為從海底噴出的熱水中含有 豐富的礦物,一旦熱水與深海的冷 水接觸之後,就會在成長中的柱子 上沉澱新的礦物層。然而,這些溶 解的礦物在生命起源故事中到底扮 演什麼角色,目前還不是很清楚。 但是,不論是什麼角色,都會使這 個故事更加有趣。 要是我們不再局限於「前生物時 期」的化學反應細節,就會覺悟 到,生命起源的過程實在是太複雜 了,絕對不可能是個單一事件。我 們必須假定它是一連串事件的結 果,每個事件都不怎麼起眼,但都 使早期分子的規則性與複雜度逐步 提升。第一步應該是合成基本的生 命組成單元;半個世紀來的研究已 發現,生命分子在好些地方大量製 造出來,在形成我們太陽系的星雲 中、海面上、海底熱泉附近。於 是,原始的地球陷入了「富人的窘 境」──分子種類之多,遠超過構 成生命所需。 後來在混沌中理出秩序,是礦物 所出的力。礦物首先圈住分子加以 濃縮,接下來是篩選並聯結這些分 子,因此也許便催化產生第一個有 複製能力的分子系統。這樣的系統 雖然還沒有組成我們目前所熟悉的 生物,不過已經展現出生命的基本 性質,具有複製能力的分子系統開 始大量使用環境中的資源。一旦有 分子因突變而產生略微不同的變 種,它們之間針對有限資源的競 爭,便會啟動分子之間的自然選擇 過程。具有複製能力的分子系統開 始演化,不可避免的,會變得更有 效率、更加複雜。 我們在卡內基學院的長程研究目 標是:證明簡單的化學步驟可以產 生有複製能力的分子系統,結果也 許是個與所有生物細胞都有關的代 謝循環分子。但科學家想要在實驗 室裡創造生命還早得很呢!地球上 的生命到底是透過哪些化學變化形 成?也許我們永遠都不能精確的證 明。不過我們可以確定的是,礦物 在生命起源過程所扮演的角色,比 科學家過去所想像的更複雜、更根 本。在探討生命起源的實驗中,要 是讓礦物扮演主角,研究人員也許 會更接近答案;畢竟,這是科學上 最古老的問題。 儲三陽,清華大學化學系教授。 科學人 ◆2002年1月號 90  Beginnings of Cellular Life. Harold J. Morowitz. Yale University Press, 1992. Origins of Life: The Central Concepts. David W. Deamer and Gail R. Fleischaker. Jones and Bartlett, 1994. Emergence: From Chaos to Order. John H. Holland. Helix Books, 1998. Biogenesis: Theories of Life's Origin. Noam Lahav. Oxford University Press, 1999. 礦物在生命起源過程所扮演的角色, 比我們過去想像的更複雜、更具關鍵性。

生長、生活、生殖,也是因為每個細 胞內發生的幾百種化學反應;化學反應必定是生命起源的第一步。一系列 的化學變化,將空氣、水、礦物中的簡單成分,組裝成一群具有複 製能力的含碳分子

生長、生活、生殖,也是因為每個細 胞內發生的幾百種化學反應

化學反應必定是生命起源的第一步。一系列 的化學變化,將空氣、水、礦物中的簡單成分,組裝成一群具有複 製能力的含碳分子

化學反應必定是生命起源的第一步。一系列 的化學變化,將空氣、水、礦物中的簡單成分,組裝成一群具有複 製能力的含碳分子
愛斯基摩人的文化社會與家庭生活 - GIS暨旅遊資源中心
空氣、岩石和 水是早期地球僅有的原料, 第一個生物體必定 是以這些原始素材 建造而成的。最近有一些實 驗結果顯示, 礦物這種岩石 的基本成分, 在形成生命的奇妙過程中, 可能扮演舉足輕重的角色。 撰文 赫森(Robert M. Hazen) 攝影 路易斯(Robert Lewis) 翻譯 儲三陽 www.sciam.com.tw 科學人 81 科學人 ◆2002年1月號 F E L D S P A R S P E C I M E N C O U R T E S Y O F T H E A M E R I C A N M U S E U M O F N A T U R A L H I S T O R Y , W I T H P E R M I S S I O N O F T H E D E P A R T M E N T O F E A R T H A N D P L A N E T A R Y S C I E N C E S 82 荒 涼的原始地球上,生命是怎麼出現的?沒有人 知道,但有一點是確定的:生命起源必然是個 化學事件。地球在45億年前形成,最初的5億年間, 地表週期性遭受隕石撞擊,如地獄般毫無生機,可是 在接下來的幾億年中,卻出現了大量的微生物。這段 期間,第一個生物必定是以空氣、水和岩石建造的。 這三種原料中,大氣和海洋一直在生命起源的故事 裡被認為是主角,而岩石和組成岩石的礦物,只不過 是配角,甚至是道具。現在科學家覺悟到,給它們編 派那麼有限的角色,是個錯誤。的確,最近發表的許 多精采實驗結果,揭露了礦物才是主角的事實:在形 成生命的基本化學反應中,礦物舉足輕重。 生命起源故事的第一幕,必然是形成一批可以自我 複製的含碳分子,這是生命演化的第一步。即使只是 跨出這一步,也涉及一系列的化學變化,一群有機分 子的結構與複雜度在這個過程中逐步提升。太古地球 上最豐富的含碳分子是一氧化 碳、二氧化碳和甲烷,都是只 有一個碳原子的小分子,但在 生物的基本組成單元裡,每個 分子也許就包含十幾個碳原 子,像含有高能量的糖類、可形成細胞膜的脂質及複 雜的胺基酸。為執行形成生命的化學任務,這些分子 還得再鍵結成長鏈狀的聚合物,以及其他的種類。原 始地球的惡劣環境中,強烈的紫外線往往會快速分解 剛聚合成的分子,因此要將小分子連結成這些複雜、 伸展的結構,也就特別困難。 為使生命戲碼順利上演,就必須保護含碳分子,並 給予協助。在衍生生命的化學反應中,礦物至少可以 扮演五種要角,從被動的道具到主動的演員全包了。 礦物結構中的微小孔洞可以庇護簡單分子,表面則提 供了讓分子聚合、成長的支架。此外,某些礦物的晶 體表面可以主動選擇特定分子,這些分子與後來扮演 重要生化角色的分子很相似。其他礦物中的金屬離子 能催化重要反應,例如將小分子轉化成具複製能力的 實體。最近的發現更令人驚訝:礦物溶解在水中後, 有些元素會併入生物分子。換句話說,礦物可能不只 協助生物分子結合,它們也成為生物的一部分。  1859年達爾文發表《物種起源》一書之後,有大半 個世紀,許多科學家都在臆測生命的化學起源為何。 有些人頗有遠見,在他們發明的情節中提到岩石和礦 物質,但是實驗結果並不怎麼支持這些臆測。 其中最著名的實驗之一,是1953年在美國芝加哥大 學完成的。當時,年少聰慧的研究生米勒,嘗試在玻 璃瓶中模擬地球的原始海洋與大氣;他是1934年諾貝 爾化學獎得主游理的學生。米勒把甲烷、氨和其他被 視為是早期大氣層中的氣體,加上一些水密封在燒瓶 裡,然後在氣體中放電產生火花,模擬史前閃電風 暴。結果清水先變成粉紅色,再轉為褐色,此時水中 已富含胺基酸及其他重要的有機分子。米勒以這個簡 單而精采的實驗,扭轉了生命起源研究的方向,使它 過去認為,礦物在生命起源過程只是配角,但 越來越多證據顯示,礦物很可能是重要參與者。 從純粹臆想的哲學遊戲,轉變成精 確的實驗科學。媒體趁勢炒作這個 結果,預測人工合成的蟲子也許很 快就會從試管裡爬出來了。科學界 則比較自制,但是,還是有許多科 學家認為,在實驗室創造生命的主 要障礙已經搬開了。 然而不久後,這個樂觀想法就給 打消了。米勒也許發現一個方法, 可以利用原始地球上的水與氣體製 造出生物建材,但這些簡單單位如 何結合起來,形成例如蛋白質或 DNA這種複雜的分子結構?它們 又是在哪裡結合?畢竟,這些複雜 分子才是生命的真正元素。 要解開這個謎,米勒和其他研究 生命起源的科學家開始提出以岩石 作為道具的想法。他們推想,漂浮 海水中的有機分子,也許在岩石嶙 峋的海岸被沖進潮間帶水池。池水 反覆蒸發後,分子濃度愈來愈高, 就像湯在熱鍋中逐漸濃稠一樣。 不過最近研究人員已經想到,生 命要素也許堆積在更小的容器中。 有些岩石(像灰色的火山浮石)會 布滿「氣窩」,這是岩石還在熔融 態時,內部氣體膨脹而成。許多常 見礦物(例如長石)會在風化過程 中發展出微小坑洞。早期地球的岩 石上,每個小坑洞都可能各自進行 分子自我組裝實驗。只要有足夠的 時間和坑洞,搞不好分子就會組合 成最後稱得上「生命」的玩意兒。 這個推測的主要根據是:生命非 常脆弱,非岩石保護不能倖存。但 是1977年一個驚人的發現,挑戰 了傳統的生命脆弱觀點與起源方 式。在此之前,大多數科學家都假 定,生命是在海面(或接近海面的 www.sciam.com.tw 科學人 83 ◆ 長石:分子鏈成長過程的庇護所 礦物晶體的力量 表面看來,沒有任何物質比岩石更沒有生命跡象的了。那麼,岩石 及它的礦物成分怎麼會促成生命萌芽?答案在於「化學」。礦物從 簡單分子長成有序結構,就是透過化學反應。同樣的,所有生物, 細菌也好蝙蝠也罷,之所以能生長、生活、生殖,也是因為每個細 胞內發生的幾百種化學反應。 40億年前,地球上沒有生物;是化學改變了地球的表面,而不是生 物。在那個曠遠的時代,礦物、海洋、大氣是第一個生物體賴以成 形的僅有物質。因此,化學反應必定是生命起源的第一步。一系列 的化學變化,將空氣、水、礦物中的簡單成分,組裝成一群具有複 製能力的含碳分子。 最近有實驗顯示,要不是有礦物協助,這些關鍵變化根本就不可能 發生。礦物所扮演的角色包括了:庇護所、鷹架、模板、催化劑, 以及反應物。 模板︰方解石的不同晶面可以分別吸附左旋及右旋胺基酸分子。這個選 取過程可以解釋生物只利用左旋胺基酸的事實。 催化劑︰磁鐵礦,一種氧化鐵礦物,可以促成氮和氫重組成氨的反應。 氨是生物不可或缺的化合物,它是細胞取得氮的來源。 庇護所︰長石之類的普通礦石,風化後表面會出現大量小坑。這些小坑 可以保護生命分子的前驅物,使之不受致命輻射的破壞。 鷹架:黏土之類的成層礦物,可以將自由的有機分子限制在層間的空間 裡。簡單分子因為彼此接近而進一步反應,結合成複雜化合物。 反應物︰硫化鐵礦石在高溫高壓下就會溶出鐵和硫。某些生物酵素的活 性核心,就是由鐵和硫形成的,如烏頭酸A。 左旋胺基酸 方解石晶體 右旋胺基酸 氨 氫 氮 磁鐵礦 長石 前驅分子 烏頭酸A 簡單的 胺基酸 被抓住的 分子 黏土的單層 硫 鐵 科學人 ◆2002年1月號 84 84 科學人 I L L U S T R A T I O N S B Y K E N N E T H E D W A R D B i o G r a f x 場所),靠太陽能推動的化學反應 形成。可是,後來深海探測人員在 海底火山噴口附近的高熱水域中, 首度發現不同以往的生態系,使得 傳統生命觀起了變化。這些極端環 境沒有陽光潤浴,卻能支持複雜的 生物社群。這些黑暗的棲境中,生 物需要的能量大部分來自地熱而非 陽光。於是有些研究人員開始懷 疑:與生命起源相關的有機反應, 也許便是在這些深海熱泉附近的高 熱、高壓環境中進行。 米勒和他的同事都反對這個熱泉 起源假說,部分原因是胺基酸遇熱 後會很快分解。不過後來發現,只 有不考慮礦物扮演的關鍵角色,這 個理由才能成立。礦物也許是生命 要素的庇護所,我的實驗室(位於 華盛頓卡內基學院地球物理研究 所)最近得到可以支持這個點子的 證據,由我的同事布蘭德斯提出, 他現在任職於阿藍沙斯港的德州大 學海洋研究所。當年布蘭德斯還在 卡內基學院擔任博士後研究員,就 提出「礦物能使脆弱的胺基酸保持 完整」的假說。我們在1998年做 過一個實驗發現,正如米勒等人的 預測,白胺酸在200℃的高壓水 中,幾分鐘就分解了,但是布蘭德 斯在水中加入硫化鐵(深海熱泉常 見的礦物)後,白胺酸卻可以完整 維持幾天,因此有充裕的時間可與 其他重要分子發生反應。  即使適當原料已在安全的地方就 位了,例如潮間池、礦物表面的微 小洞穴或海床熱泉噴流系統裡,但 每個分子仍只是懸浮在水中。這些 零散分子需要類似鷹架的支撐結 構,以便攀附並相互反應。從稀溶 液中聚集分子有個簡單方法,可在 一個平坦表面上使分子聚集,遊蕩 分子也許會跑到潮間池的水面,或 者水面上類似浮油的化合物中。但 是對脆弱的分子而言,這種環境具 有相當大的潛在威脅,雷雨和紫外 線輻射對原始地球的折磨,程度是 今天的好幾倍。在這種條件下,分 子內的複雜鏈結會很快斷裂。 85 www.sciam.com.tw 科學人 ◆成層的礦物:建構分子的支架 具有地質學背景的生命起源學者 早就認為,礦物表面也許是另一個 吸附、組合重要分子的地方。這與 礦物容器的想法一樣,半個世紀前 就有人提出了。當時有幾位科學家 猜測,黏土有些特殊的性質,也許 可以吸附有機分子(見84頁圖)。 這些地表上到處都有的礦物,潮濕 時摸來有滑溜感,因為它們的原子 形成平滑的層狀構造,每層表面都 帶有電荷,可以吸附並固定有機分 子。這些猜測後來都獲得實驗證 實。1970年代末,以色列的一個研 究小組證明,胺基酸分子可以在黏 土表面聚集,並連結成短鏈分子, 構造類似具有生化功能的蛋白質。 研究人員發現:胺基酸水溶液蒸發 濃縮時,要是溶液中含有黏土,連 結反應就會發生。其實,這個實驗 條件與池底有泥巴的淺水池或潮間 池,實在沒什麼不同。 最近,兩個研究小組分別證明, 黏土與其他具層狀結構的礦物可以 吸附、組合多種不同的有機分子, 他們是美國阮塞勒科技學院的費里 斯,以及斯克里普斯海洋學研究所 的亞赫尼士。過去十年來,阮塞勒 的研究團隊做過一連串精采的實 驗,發現黏土可作為組合RNA基 本單位的支架。要知道,RNA可是 在細胞中將基因指令轉譯成蛋白質 的重要分子! 一旦有機分子有了礦物鷹架作為 支撐,就可以形成各式各樣的複雜 分子,但是其中只有少數幾種最後 會成為細胞的組件。這意味著當年 必然有某種模板,從原始分子中篩 選出具有重要生物意義的種類。最 近一些實驗再度顯示,礦物在篩選 過程中扮演了核心角色。  胺基酸與許多有機分子一樣具有 兩種形式,雖然由相同原子組成, 結構卻互為鏡像,這個現象稱為對 掌性或鏡像異構。但為方便溝通, 科學家將這兩個形式分別稱為「左 旋」(L型)及「右旋」(D型)。在 米勒等人的實驗中,產生的左旋與 右旋有機分子各占一半,毫無例 外。但是,生物體內的胺基酸近乎 100%為左旋型,這也毫無例外。 單一型式的胺基酸在所有生物體內 占有如此奇特的優勢,造成這個結 果的天擇事件,也許是生物界最難 以解開的謎團。 研究人員為解釋這個奇怪結果, 提出過許多理論,尋常的、匪夷所 思的都有。有一些天文物理學家認 為:地球形成之際就帶有過量的左 旋胺基酸,在塵埃與氣體構成的雲 裡產生,而太陽系就是由這種塵雲 形成。這理論的主要問題在於:經 此條件所產生的左旋與右旋分子, 兩者間的微小差距應不超過1%, 而我們的問題卻是左旋胺基酸獨霸 生物界的現象。 相對的理論則是:在地球形成之 初,左旋與右旋胺基酸各占一半, 然後因為某個特殊的物理環境偏愛 左旋,才造成它獨霸生物界的結 果。至於這個特殊的物理環境,我 認為,礦物晶面是最顯而易見的, 因為它們的表面結構互為鏡像(見 84頁圖)。2000年春天我專心研究 方解石(形成石灰石和大理石的常 見礦物),部分原因就是它往往擁 有漂亮的成對鏡像晶面。許多軟體 動物的殼中,方解石的化學結構與 胺基酸形成強固的鍵結。於是我猜 科學人 ◆2002年1月號 86 赫森自1976 年起,任職於美國華盛頓卡內基學院的地球物理研究所,致力研究礦 物在高壓環境中的性質。過去五年中,他設計的許多實驗都是模擬海底熱泉的高 壓環境。赫森在美國紐澤西州北部長大,孩提時代就對岩石和礦物產生興趣。他 在1975 年得到美國哈佛大學地球科學博士學位,到英國劍橋大學研究一年之後, 加入卡內基學院。1990 年起,他也兼任美國喬治梅森大學的地球科學教授。赫森 同時是一位具有職業水準的小喇叭手,發表過許多著作,包括論文與書籍,題材 則包括科學、教育、歷史和音樂。 某些礦物晶面可能具有篩選及聚集分子的 活性,因此它們注定有重要的生物功能。 C A L C I T E S P E C I M E N C O U R T E S Y O F L A W R E N C E H . C O N K L I N 關 於 作 者 www.sciam.com.tw 科學人 87 測,它的晶面上也許有某個可建立 化學鍵結的地方,只適合一種胺基 酸類型。為測驗這個假說,我與卡 內基的同事菲利(現任職美國普渡 大學)和喬治華盛頓大學的古弗藍 德合作,做了100個以上的實驗。 我們的實驗概念很簡單,但必須 在絕對乾淨的環境中進行,免得實 驗結果讓遍布環境中的胺基酸所污 染。我們將品相良好、拳頭大小的 方解石晶體,浸入一種常見的胺基 酸──天冬胺酸溶液中,裡頭的胺 基酸左右兩型各占一半。24小時後 取出晶體,用水洗出吸附在特定晶 面上的胺基酸分子。經過一次又一 次實驗,我們一再觀察到方解石的 左旋晶面偏愛左旋胺基酸,反之亦 然;在一些例子中,左右兩型的差 距可達40%。 有意思的是,表面有細小階梯的 方解石晶面具有最大的選擇性。這 結果讓我們想到:階梯邊緣也許會 迫使左旋、右旋胺基酸在各自的晶 面上整齊排列。要是環境條件適 當,這些整齊的胺基酸列也許就會 化合成類似蛋白質的分子,有些完 全由左旋胺基酸構成,也有完全由 右旋型構成的。如果蛋白質真的可 以這樣形成,我們的實驗結果就更 令人興奮了,因為最近有些其他團 隊發表的實驗結果顯示,某些蛋白 質有自行複製的能力。在地球的上 古史中,有複製能力的蛋白質,搞 不好就是在方解石晶面上形成的。 左旋與右旋的礦物晶面的數量, 在比例上大略相同,因此令左旋胺 基酸占有優勢的鏡像異構選擇性, 也許並沒有在世界各地同時發生。 我們的實驗結果顯示,第一組能自 行複製的分子,即今日地球上各色 生物的前身,是在特定時間、地點 出現的。最後成功發展出來的分 ◆ 方解石:篩選鏡像分子 子,之所以出現在偏好左旋胺基酸 的晶面上,可說完全是運氣。 在太古地球上,礦物質可作為分 子的庇護所、鷹架,以及選擇、組 織早期分子的模板,這是無庸置疑 的。但是,我們這些研究生命起源 的科學家都覺得,礦物實際上應該 是扮演更為積極的角色,例如形成 複雜生物分子時,必須經過一些關 鍵的合成步驟,而礦物也許是催化 這些步驟的推手。  1997年布蘭德斯在卡內基學院主 導的實驗,正可說明這個想法。生 物反應需要氨分子中的氮元素,但 是在原始地球上唯一普遍的含氮化 合物只有氮氣。工業上可以在高熱 金屬表面通過氮氣與氫氣以合成 氨,於是布蘭德斯便推想,也許海 底熱泉附近環境與工業製程有類似 的地方。果不其然,我們將氫氣、 氮氣與氧化鐵礦石(磁鐵礦)置於 高溫高壓的環境中(此為海底熱泉 的特徵),結果礦物催化了形成氨 的反應(見84頁圖)。 礦物也許催化了生命演化的第一 個關鍵步驟,這個觀念源自德國化 學家瓦特豪士,他現在是個專利律 師。瓦特豪士對生命起源深感興 趣,他在1988年提出了一個理論, 綜論有機演化的各個面相,認為礦 物扮演的角色除了模板、催化劑 外,還是驅動生物分子形成的能量 來源。而最主要的礦物,是深海熱 泉中含量豐富的鐵和鎳硫化物。他 認為,原始生物體是附著在黃鐵礦 (硫鐵化合物)帶有正電荷的表面 上;他也認為,這些生物體是從製 造黃鐵礦的化學反應中取得能量。 這個假說頗為合理,部分理由是: 有些代謝酵素(細胞中協助產生能 量的催化分子)確是以金屬及硫原 子集團作為構造核心。 過去三年來,瓦特豪士的大膽 理論影響了我們在卡內基學院的研 究方向。我的研究團隊包括地質化 學家科迪及岩石學家約德,我們的 研究焦點集中在:生物代謝過程是 否可以在沒有酵素,只有礦物(特 別是氧化物與硫化物)的條件下進 行?我們的策略很簡單,與著名的 米勒實驗同調,就是將原始地球上 已知的材料,包括水、二氧化碳與 礦物,放入受到監控的環境中,使 它們發生反應。實驗情境模擬典型 深海熱泉的高溫高壓環境,這壓力 足以壓碎骨骼,溫度足以消融肌 膚。我們大部分實驗都在測試這些 原始材料間的反應,先將實驗材料 密封在維他命藥丸大小的金質囊 中,再將六個金囊放入「約德彈」 內,這是一個笨重的鋼製高壓艙, 以接近2000個大氣壓的壓力擠壓 金囊,並將之加溫到250℃。 做這些有機合成實驗的主要目的 是「固碳」,就是在分子中塞入愈 來愈多碳原子,而這正是生命的基 本化學反應之一。反應有兩條路 徑,視我們使用的礦物而定。我們 發現,如果用工業界常見的費雪闕 布合成反應來增加碳原子,那麼許 多常見礦物都可以用來催化反應, 如鐵、銅、鋅的氧化物和硫化物。 透過這個程序,可以用一氧化碳 和氫建造鏈狀的有機分子。首先, 一氧化碳與氫反應,合成只含一個 碳原子的甲烷。再加入更多一氧化 科學人 ◆2002年1月號 88 ◆ 磁鐵礦:催化生化反應 礦物可能催化了關鍵性的化學反應, 幾個與生命演化相關的重要分子,便由此產生。 M A G N E T I T E S P E C I M E N C O U R T E S Y O F L A W R E N C E N . C O N K L I N 89 碳和氫,會形成含兩個碳的乙烷, 這個程序可以重複進行,每次都讓 碳鏈增加一個碳原子。利用這個反 應製造含碳分子,化工廠的研究人 員便可造出任何碳數的分子。1996 年我們完成第一個有機合成實驗, 加上伍茲赫爾海洋研究所的麥科洛 姆所作的廣泛研究,兩者都顯示, 在某種深海熱泉情境中,相關化學 反應在一天之內就可合成含30個碳 原子以上的長鏈分子。要是在今天 各地的深海熱泉中,簡單的無機分 子也可以透過這個反應來形成大型 有機分子,那麼在地球出現生物之 前,這種反應也一樣可以發生。 要是我們以鎳或鈷的硫化物做實 驗,增碳過程主要循羰基化途徑進 行,也就是塞入一個羰基(由一個 碳原子、一個氧原子組成)。羰基 很容易與鎳或鈷原子結合,可是鍵 結並不強,因此它還是可以與其他 分子結合,甚至「跳船」形成更大 的分子。我們做過一系列實驗,觀 察到九個碳的壬硫醇增長形成十個 碳的癸酸,這個分子與細胞內驅動 代謝反應的有機酸很類似。此外, 這項實驗使用的反應物質如硫醇、 一氧化碳和水,在硫化物豐富的海 底熱泉十分常見。我們重複這些簡 單的反應步驟,在這兒塞入一個羰 基、那兒接上一個羥基,便可合成 種類豐富、構造複雜的有機分子。 我們在卡內基學院做過1500個熱 液有機合成實驗,對於早期地球上 必然出現過的分子,提供了更多證 據。此外,這些努力顯示礦物還有 其他更複雜的行為,也許對生命的 化學性質有重大的意義。過去的生 命起源研究者都將礦物當作堅固、 不變的東西,是讓有機分子組合的 穩定舞台,但是我們卻發現,礦物 在高壓熱水中會溶解。透過這樣的 www.sciam.com.tw 科學人 ◆ 黃鐵礦:提供生化反應所需的能量 過程,礦物中的原子和分子也會成 為太古濃湯中的反應物。  我們第一次發現礦物也可作為反 應物,是最近由科迪領導的催化實 驗產生的意外結果。正如我們事前 所預期,金囊中的簡單分子混合物 經過羰基化反應後,產生了十個碳 的癸酸,但是在生成物中也發現相 當數量的硫、有機硫化物、甲硫醇 及其他含硫化合物。這些物質中的 硫必然來自硫化鐵礦物。 更驚人的是,鐵也會被釋出,它 使金囊中的水溶液呈現出耀目的色 彩。礦物溶解之後,鐵會形成紅色 及橙色的有機金屬錯合物,這是因 為鐵原子受到各種有機分子包圍。 我們正在研究這些錯合物的活性, 搞不好它們可以當作酵素,催化有 機結構的合成反應。 礦物可以作為生物不可或缺的化 學成分,這並不令人意外。已知海 底熱泉會溶解、濃縮礦物,海底熱 泉附近會長出幾十呎高的巨大硫 柱,因為從海底噴出的熱水中含有 豐富的礦物,一旦熱水與深海的冷 水接觸之後,就會在成長中的柱子 上沉澱新的礦物層。然而,這些溶 解的礦物在生命起源故事中到底扮 演什麼角色,目前還不是很清楚。 但是,不論是什麼角色,都會使這 個故事更加有趣。 要是我們不再局限於「前生物時 期」的化學反應細節,就會覺悟 到,生命起源的過程實在是太複雜 了,絕對不可能是個單一事件。我 們必須假定它是一連串事件的結 果,每個事件都不怎麼起眼,但都 使早期分子的規則性與複雜度逐步 提升。第一步應該是合成基本的生 命組成單元;半個世紀來的研究已 發現,生命分子在好些地方大量製 造出來,在形成我們太陽系的星雲 中、海面上、海底熱泉附近。於 是,原始的地球陷入了「富人的窘 境」──分子種類之多,遠超過構 成生命所需。 後來在混沌中理出秩序,是礦物 所出的力。礦物首先圈住分子加以 濃縮,接下來是篩選並聯結這些分 子,因此也許便催化產生第一個有 複製能力的分子系統。這樣的系統 雖然還沒有組成我們目前所熟悉的 生物,不過已經展現出生命的基本 性質,具有複製能力的分子系統開 始大量使用環境中的資源。一旦有 分子因突變而產生略微不同的變 種,它們之間針對有限資源的競 爭,便會啟動分子之間的自然選擇 過程。具有複製能力的分子系統開 始演化,不可避免的,會變得更有 效率、更加複雜。 我們在卡內基學院的長程研究目 標是:證明簡單的化學步驟可以產 生有複製能力的分子系統,結果也 許是個與所有生物細胞都有關的代 謝循環分子。但科學家想要在實驗 室裡創造生命還早得很呢!地球上 的生命到底是透過哪些化學變化形 成?也許我們永遠都不能精確的證 明。不過我們可以確定的是,礦物 在生命起源過程所扮演的角色,比 科學家過去所想像的更複雜、更根 本。在探討生命起源的實驗中,要 是讓礦物扮演主角,研究人員也許 會更接近答案;畢竟,這是科學上 最古老的問題。 儲三陽,清華大學化學系教授。 科學人 ◆2002年1月號 90  Beginnings of Cellular Life. Harold J. Morowitz. Yale University Press, 1992. Origins of Life: The Central Concepts. David W. Deamer and Gail R. Fleischaker. Jones and Bartlett, 1994. Emergence: From Chaos to Order. John H. Holland. Helix Books, 1998. Biogenesis: Theories of Life's Origin. Noam Lahav. Oxford University Press, 1999. 礦物在生命起源過程所扮演的角色, 比我們過去想像的更複雜、更具關鍵性。

基酸占有優勢的鏡像異構選擇性,. 也許並沒有在世界各地同時發生。

[PDF]【L01 輔助資料】 生命始於礦石.pdf - 國立清華大學開放式課程 ...
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愛斯基摩人的文化社會與家庭生活 - GIS暨旅遊資源中心
空氣、岩石和 水是早期地球僅有的原料, 第一個生物體必定 是以這些原始素材 建造而成的。最近有一些實 驗結果顯示, 礦物這種岩石 的基本成分, 在形成生命的奇妙過程中, 可能扮演舉足輕重的角色。 撰文 赫森(Robert M. Hazen) 攝影 路易斯(Robert Lewis) 翻譯 儲三陽 www.sciam.com.tw 科學人 81 科學人 ◆2002年1月號 F E L D S P A R S P E C I M E N C O U R T E S Y O F T H E A M E R I C A N M U S E U M O F N A T U R A L H I S T O R Y , W I T H P E R M I S S I O N O F T H E D E P A R T M E N T O F E A R T H A N D P L A N E T A R Y S C I E N C E S 82 荒 涼的原始地球上,生命是怎麼出現的?沒有人 知道,但有一點是確定的:生命起源必然是個 化學事件。地球在45億年前形成,最初的5億年間, 地表週期性遭受隕石撞擊,如地獄般毫無生機,可是 在接下來的幾億年中,卻出現了大量的微生物。這段 期間,第一個生物必定是以空氣、水和岩石建造的。 這三種原料中,大氣和海洋一直在生命起源的故事 裡被認為是主角,而岩石和組成岩石的礦物,只不過 是配角,甚至是道具。現在科學家覺悟到,給它們編 派那麼有限的角色,是個錯誤。的確,最近發表的許 多精采實驗結果,揭露了礦物才是主角的事實:在形 成生命的基本化學反應中,礦物舉足輕重。 生命起源故事的第一幕,必然是形成一批可以自我 複製的含碳分子,這是生命演化的第一步。即使只是 跨出這一步,也涉及一系列的化學變化,一群有機分 子的結構與複雜度在這個過程中逐步提升。太古地球 上最豐富的含碳分子是一氧化 碳、二氧化碳和甲烷,都是只 有一個碳原子的小分子,但在 生物的基本組成單元裡,每個 分子也許就包含十幾個碳原 子,像含有高能量的糖類、可形成細胞膜的脂質及複 雜的胺基酸。為執行形成生命的化學任務,這些分子 還得再鍵結成長鏈狀的聚合物,以及其他的種類。原 始地球的惡劣環境中,強烈的紫外線往往會快速分解 剛聚合成的分子,因此要將小分子連結成這些複雜、 伸展的結構,也就特別困難。 為使生命戲碼順利上演,就必須保護含碳分子,並 給予協助。在衍生生命的化學反應中,礦物至少可以 扮演五種要角,從被動的道具到主動的演員全包了。 礦物結構中的微小孔洞可以庇護簡單分子,表面則提 供了讓分子聚合、成長的支架。此外,某些礦物的晶 體表面可以主動選擇特定分子,這些分子與後來扮演 重要生化角色的分子很相似。其他礦物中的金屬離子 能催化重要反應,例如將小分子轉化成具複製能力的 實體。最近的發現更令人驚訝:礦物溶解在水中後, 有些元素會併入生物分子。換句話說,礦物可能不只 協助生物分子結合,它們也成為生物的一部分。  1859年達爾文發表《物種起源》一書之後,有大半 個世紀,許多科學家都在臆測生命的化學起源為何。 有些人頗有遠見,在他們發明的情節中提到岩石和礦 物質,但是實驗結果並不怎麼支持這些臆測。 其中最著名的實驗之一,是1953年在美國芝加哥大 學完成的。當時,年少聰慧的研究生米勒,嘗試在玻 璃瓶中模擬地球的原始海洋與大氣;他是1934年諾貝 爾化學獎得主游理的學生。米勒把甲烷、氨和其他被 視為是早期大氣層中的氣體,加上一些水密封在燒瓶 裡,然後在氣體中放電產生火花,模擬史前閃電風 暴。結果清水先變成粉紅色,再轉為褐色,此時水中 已富含胺基酸及其他重要的有機分子。米勒以這個簡 單而精采的實驗,扭轉了生命起源研究的方向,使它 過去認為,礦物在生命起源過程只是配角,但 越來越多證據顯示,礦物很可能是重要參與者。 從純粹臆想的哲學遊戲,轉變成精 確的實驗科學。媒體趁勢炒作這個 結果,預測人工合成的蟲子也許很 快就會從試管裡爬出來了。科學界 則比較自制,但是,還是有許多科 學家認為,在實驗室創造生命的主 要障礙已經搬開了。 然而不久後,這個樂觀想法就給 打消了。米勒也許發現一個方法, 可以利用原始地球上的水與氣體製 造出生物建材,但這些簡單單位如 何結合起來,形成例如蛋白質或 DNA這種複雜的分子結構?它們 又是在哪裡結合?畢竟,這些複雜 分子才是生命的真正元素。 要解開這個謎,米勒和其他研究 生命起源的科學家開始提出以岩石 作為道具的想法。他們推想,漂浮 海水中的有機分子,也許在岩石嶙 峋的海岸被沖進潮間帶水池。池水 反覆蒸發後,分子濃度愈來愈高, 就像湯在熱鍋中逐漸濃稠一樣。 不過最近研究人員已經想到,生 命要素也許堆積在更小的容器中。 有些岩石(像灰色的火山浮石)會 布滿「氣窩」,這是岩石還在熔融 態時,內部氣體膨脹而成。許多常 見礦物(例如長石)會在風化過程 中發展出微小坑洞。早期地球的岩 石上,每個小坑洞都可能各自進行 分子自我組裝實驗。只要有足夠的 時間和坑洞,搞不好分子就會組合 成最後稱得上「生命」的玩意兒。 這個推測的主要根據是:生命非 常脆弱,非岩石保護不能倖存。但 是1977年一個驚人的發現,挑戰 了傳統的生命脆弱觀點與起源方 式。在此之前,大多數科學家都假 定,生命是在海面(或接近海面的 www.sciam.com.tw 科學人 83 ◆ 長石:分子鏈成長過程的庇護所 礦物晶體的力量 表面看來,沒有任何物質比岩石更沒有生命跡象的了。那麼,岩石 及它的礦物成分怎麼會促成生命萌芽?答案在於「化學」。礦物從 簡單分子長成有序結構,就是透過化學反應。同樣的,所有生物, 細菌也好蝙蝠也罷,之所以能生長、生活、生殖,也是因為每個細 胞內發生的幾百種化學反應。 40億年前,地球上沒有生物;是化學改變了地球的表面,而不是生 物。在那個曠遠的時代,礦物、海洋、大氣是第一個生物體賴以成 形的僅有物質。因此,化學反應必定是生命起源的第一步。一系列 的化學變化,將空氣、水、礦物中的簡單成分,組裝成一群具有複 製能力的含碳分子。 最近有實驗顯示,要不是有礦物協助,這些關鍵變化根本就不可能 發生。礦物所扮演的角色包括了:庇護所、鷹架、模板、催化劑, 以及反應物。 模板︰方解石的不同晶面可以分別吸附左旋及右旋胺基酸分子。這個選 取過程可以解釋生物只利用左旋胺基酸的事實。 催化劑︰磁鐵礦,一種氧化鐵礦物,可以促成氮和氫重組成氨的反應。 氨是生物不可或缺的化合物,它是細胞取得氮的來源。 庇護所︰長石之類的普通礦石,風化後表面會出現大量小坑。這些小坑 可以保護生命分子的前驅物,使之不受致命輻射的破壞。 鷹架:黏土之類的成層礦物,可以將自由的有機分子限制在層間的空間 裡。簡單分子因為彼此接近而進一步反應,結合成複雜化合物。 反應物︰硫化鐵礦石在高溫高壓下就會溶出鐵和硫。某些生物酵素的活 性核心,就是由鐵和硫形成的,如烏頭酸A。 左旋胺基酸 方解石晶體 右旋胺基酸 氨 氫 氮 磁鐵礦 長石 前驅分子 烏頭酸A 簡單的 胺基酸 被抓住的 分子 黏土的單層 硫 鐵 科學人 ◆2002年1月號 84 84 科學人 I L L U S T R A T I O N S B Y K E N N E T H E D W A R D B i o G r a f x 場所),靠太陽能推動的化學反應 形成。可是,後來深海探測人員在 海底火山噴口附近的高熱水域中, 首度發現不同以往的生態系,使得 傳統生命觀起了變化。這些極端環 境沒有陽光潤浴,卻能支持複雜的 生物社群。這些黑暗的棲境中,生 物需要的能量大部分來自地熱而非 陽光。於是有些研究人員開始懷 疑:與生命起源相關的有機反應, 也許便是在這些深海熱泉附近的高 熱、高壓環境中進行。 米勒和他的同事都反對這個熱泉 起源假說,部分原因是胺基酸遇熱 後會很快分解。不過後來發現,只 有不考慮礦物扮演的關鍵角色,這 個理由才能成立。礦物也許是生命 要素的庇護所,我的實驗室(位於 華盛頓卡內基學院地球物理研究 所)最近得到可以支持這個點子的 證據,由我的同事布蘭德斯提出, 他現在任職於阿藍沙斯港的德州大 學海洋研究所。當年布蘭德斯還在 卡內基學院擔任博士後研究員,就 提出「礦物能使脆弱的胺基酸保持 完整」的假說。我們在1998年做 過一個實驗發現,正如米勒等人的 預測,白胺酸在200℃的高壓水 中,幾分鐘就分解了,但是布蘭德 斯在水中加入硫化鐵(深海熱泉常 見的礦物)後,白胺酸卻可以完整 維持幾天,因此有充裕的時間可與 其他重要分子發生反應。  即使適當原料已在安全的地方就 位了,例如潮間池、礦物表面的微 小洞穴或海床熱泉噴流系統裡,但 每個分子仍只是懸浮在水中。這些 零散分子需要類似鷹架的支撐結 構,以便攀附並相互反應。從稀溶 液中聚集分子有個簡單方法,可在 一個平坦表面上使分子聚集,遊蕩 分子也許會跑到潮間池的水面,或 者水面上類似浮油的化合物中。但 是對脆弱的分子而言,這種環境具 有相當大的潛在威脅,雷雨和紫外 線輻射對原始地球的折磨,程度是 今天的好幾倍。在這種條件下,分 子內的複雜鏈結會很快斷裂。 85 www.sciam.com.tw 科學人 ◆成層的礦物:建構分子的支架 具有地質學背景的生命起源學者 早就認為,礦物表面也許是另一個 吸附、組合重要分子的地方。這與 礦物容器的想法一樣,半個世紀前 就有人提出了。當時有幾位科學家 猜測,黏土有些特殊的性質,也許 可以吸附有機分子(見84頁圖)。 這些地表上到處都有的礦物,潮濕 時摸來有滑溜感,因為它們的原子 形成平滑的層狀構造,每層表面都 帶有電荷,可以吸附並固定有機分 子。這些猜測後來都獲得實驗證 實。1970年代末,以色列的一個研 究小組證明,胺基酸分子可以在黏 土表面聚集,並連結成短鏈分子, 構造類似具有生化功能的蛋白質。 研究人員發現:胺基酸水溶液蒸發 濃縮時,要是溶液中含有黏土,連 結反應就會發生。其實,這個實驗 條件與池底有泥巴的淺水池或潮間 池,實在沒什麼不同。 最近,兩個研究小組分別證明, 黏土與其他具層狀結構的礦物可以 吸附、組合多種不同的有機分子, 他們是美國阮塞勒科技學院的費里 斯,以及斯克里普斯海洋學研究所 的亞赫尼士。過去十年來,阮塞勒 的研究團隊做過一連串精采的實 驗,發現黏土可作為組合RNA基 本單位的支架。要知道,RNA可是 在細胞中將基因指令轉譯成蛋白質 的重要分子! 一旦有機分子有了礦物鷹架作為 支撐,就可以形成各式各樣的複雜 分子,但是其中只有少數幾種最後 會成為細胞的組件。這意味著當年 必然有某種模板,從原始分子中篩 選出具有重要生物意義的種類。最 近一些實驗再度顯示,礦物在篩選 過程中扮演了核心角色。  胺基酸與許多有機分子一樣具有 兩種形式,雖然由相同原子組成, 結構卻互為鏡像,這個現象稱為對 掌性或鏡像異構。但為方便溝通, 科學家將這兩個形式分別稱為「左 旋」(L型)及「右旋」(D型)。在 米勒等人的實驗中,產生的左旋與 右旋有機分子各占一半,毫無例 外。但是,生物體內的胺基酸近乎 100%為左旋型,這也毫無例外。 單一型式的胺基酸在所有生物體內 占有如此奇特的優勢,造成這個結 果的天擇事件,也許是生物界最難 以解開的謎團。 研究人員為解釋這個奇怪結果, 提出過許多理論,尋常的、匪夷所 思的都有。有一些天文物理學家認 為:地球形成之際就帶有過量的左 旋胺基酸,在塵埃與氣體構成的雲 裡產生,而太陽系就是由這種塵雲 形成。這理論的主要問題在於:經 此條件所產生的左旋與右旋分子, 兩者間的微小差距應不超過1%, 而我們的問題卻是左旋胺基酸獨霸 生物界的現象。 相對的理論則是:在地球形成之 初,左旋與右旋胺基酸各占一半, 然後因為某個特殊的物理環境偏愛 左旋,才造成它獨霸生物界的結 果。至於這個特殊的物理環境,我 認為,礦物晶面是最顯而易見的, 因為它們的表面結構互為鏡像(見 84頁圖)。2000年春天我專心研究 方解石(形成石灰石和大理石的常 見礦物),部分原因就是它往往擁 有漂亮的成對鏡像晶面。許多軟體 動物的殼中,方解石的化學結構與 胺基酸形成強固的鍵結。於是我猜 科學人 ◆2002年1月號 86 赫森自1976 年起,任職於美國華盛頓卡內基學院的地球物理研究所,致力研究礦 物在高壓環境中的性質。過去五年中,他設計的許多實驗都是模擬海底熱泉的高 壓環境。赫森在美國紐澤西州北部長大,孩提時代就對岩石和礦物產生興趣。他 在1975 年得到美國哈佛大學地球科學博士學位,到英國劍橋大學研究一年之後, 加入卡內基學院。1990 年起,他也兼任美國喬治梅森大學的地球科學教授。赫森 同時是一位具有職業水準的小喇叭手,發表過許多著作,包括論文與書籍,題材 則包括科學、教育、歷史和音樂。 某些礦物晶面可能具有篩選及聚集分子的 活性,因此它們注定有重要的生物功能。 C A L C I T E S P E C I M E N C O U R T E S Y O F L A W R E N C E H . C O N K L I N 關 於 作 者 www.sciam.com.tw 科學人 87 測,它的晶面上也許有某個可建立 化學鍵結的地方,只適合一種胺基 酸類型。為測驗這個假說,我與卡 內基的同事菲利(現任職美國普渡 大學)和喬治華盛頓大學的古弗藍 德合作,做了100個以上的實驗。 我們的實驗概念很簡單,但必須 在絕對乾淨的環境中進行,免得實 驗結果讓遍布環境中的胺基酸所污 染。我們將品相良好、拳頭大小的 方解石晶體,浸入一種常見的胺基 酸──天冬胺酸溶液中,裡頭的胺 基酸左右兩型各占一半。24小時後 取出晶體,用水洗出吸附在特定晶 面上的胺基酸分子。經過一次又一 次實驗,我們一再觀察到方解石的 左旋晶面偏愛左旋胺基酸,反之亦 然;在一些例子中,左右兩型的差 距可達40%。 有意思的是,表面有細小階梯的 方解石晶面具有最大的選擇性。這 結果讓我們想到:階梯邊緣也許會 迫使左旋、右旋胺基酸在各自的晶 面上整齊排列。要是環境條件適 當,這些整齊的胺基酸列也許就會 化合成類似蛋白質的分子,有些完 全由左旋胺基酸構成,也有完全由 右旋型構成的。如果蛋白質真的可 以這樣形成,我們的實驗結果就更 令人興奮了,因為最近有些其他團 隊發表的實驗結果顯示,某些蛋白 質有自行複製的能力。在地球的上 古史中,有複製能力的蛋白質,搞 不好就是在方解石晶面上形成的。 左旋與右旋的礦物晶面的數量, 在比例上大略相同,因此令左旋胺 基酸占有優勢的鏡像異構選擇性, 也許並沒有在世界各地同時發生。 我們的實驗結果顯示,第一組能自 行複製的分子,即今日地球上各色 生物的前身,是在特定時間、地點 出現的。最後成功發展出來的分 ◆ 方解石:篩選鏡像分子 子,之所以出現在偏好左旋胺基酸 的晶面上,可說完全是運氣。 在太古地球上,礦物質可作為分 子的庇護所、鷹架,以及選擇、組 織早期分子的模板,這是無庸置疑 的。但是,我們這些研究生命起源 的科學家都覺得,礦物實際上應該 是扮演更為積極的角色,例如形成 複雜生物分子時,必須經過一些關 鍵的合成步驟,而礦物也許是催化 這些步驟的推手。  1997年布蘭德斯在卡內基學院主 導的實驗,正可說明這個想法。生 物反應需要氨分子中的氮元素,但 是在原始地球上唯一普遍的含氮化 合物只有氮氣。工業上可以在高熱 金屬表面通過氮氣與氫氣以合成 氨,於是布蘭德斯便推想,也許海 底熱泉附近環境與工業製程有類似 的地方。果不其然,我們將氫氣、 氮氣與氧化鐵礦石(磁鐵礦)置於 高溫高壓的環境中(此為海底熱泉 的特徵),結果礦物催化了形成氨 的反應(見84頁圖)。 礦物也許催化了生命演化的第一 個關鍵步驟,這個觀念源自德國化 學家瓦特豪士,他現在是個專利律 師。瓦特豪士對生命起源深感興 趣,他在1988年提出了一個理論, 綜論有機演化的各個面相,認為礦 物扮演的角色除了模板、催化劑 外,還是驅動生物分子形成的能量 來源。而最主要的礦物,是深海熱 泉中含量豐富的鐵和鎳硫化物。他 認為,原始生物體是附著在黃鐵礦 (硫鐵化合物)帶有正電荷的表面 上;他也認為,這些生物體是從製 造黃鐵礦的化學反應中取得能量。 這個假說頗為合理,部分理由是: 有些代謝酵素(細胞中協助產生能 量的催化分子)確是以金屬及硫原 子集團作為構造核心。 過去三年來,瓦特豪士的大膽 理論影響了我們在卡內基學院的研 究方向。我的研究團隊包括地質化 學家科迪及岩石學家約德,我們的 研究焦點集中在:生物代謝過程是 否可以在沒有酵素,只有礦物(特 別是氧化物與硫化物)的條件下進 行?我們的策略很簡單,與著名的 米勒實驗同調,就是將原始地球上 已知的材料,包括水、二氧化碳與 礦物,放入受到監控的環境中,使 它們發生反應。實驗情境模擬典型 深海熱泉的高溫高壓環境,這壓力 足以壓碎骨骼,溫度足以消融肌 膚。我們大部分實驗都在測試這些 原始材料間的反應,先將實驗材料 密封在維他命藥丸大小的金質囊 中,再將六個金囊放入「約德彈」 內,這是一個笨重的鋼製高壓艙, 以接近2000個大氣壓的壓力擠壓 金囊,並將之加溫到250℃。 做這些有機合成實驗的主要目的 是「固碳」,就是在分子中塞入愈 來愈多碳原子,而這正是生命的基 本化學反應之一。反應有兩條路 徑,視我們使用的礦物而定。我們 發現,如果用工業界常見的費雪闕 布合成反應來增加碳原子,那麼許 多常見礦物都可以用來催化反應, 如鐵、銅、鋅的氧化物和硫化物。 透過這個程序,可以用一氧化碳 和氫建造鏈狀的有機分子。首先, 一氧化碳與氫反應,合成只含一個 碳原子的甲烷。再加入更多一氧化 科學人 ◆2002年1月號 88 ◆ 磁鐵礦:催化生化反應 礦物可能催化了關鍵性的化學反應, 幾個與生命演化相關的重要分子,便由此產生。 M A G N E T I T E S P E C I M E N C O U R T E S Y O F L A W R E N C E N . C O N K L I N 89 碳和氫,會形成含兩個碳的乙烷, 這個程序可以重複進行,每次都讓 碳鏈增加一個碳原子。利用這個反 應製造含碳分子,化工廠的研究人 員便可造出任何碳數的分子。1996 年我們完成第一個有機合成實驗, 加上伍茲赫爾海洋研究所的麥科洛 姆所作的廣泛研究,兩者都顯示, 在某種深海熱泉情境中,相關化學 反應在一天之內就可合成含30個碳 原子以上的長鏈分子。要是在今天 各地的深海熱泉中,簡單的無機分 子也可以透過這個反應來形成大型 有機分子,那麼在地球出現生物之 前,這種反應也一樣可以發生。 要是我們以鎳或鈷的硫化物做實 驗,增碳過程主要循羰基化途徑進 行,也就是塞入一個羰基(由一個 碳原子、一個氧原子組成)。羰基 很容易與鎳或鈷原子結合,可是鍵 結並不強,因此它還是可以與其他 分子結合,甚至「跳船」形成更大 的分子。我們做過一系列實驗,觀 察到九個碳的壬硫醇增長形成十個 碳的癸酸,這個分子與細胞內驅動 代謝反應的有機酸很類似。此外, 這項實驗使用的反應物質如硫醇、 一氧化碳和水,在硫化物豐富的海 底熱泉十分常見。我們重複這些簡 單的反應步驟,在這兒塞入一個羰 基、那兒接上一個羥基,便可合成 種類豐富、構造複雜的有機分子。 我們在卡內基學院做過1500個熱 液有機合成實驗,對於早期地球上 必然出現過的分子,提供了更多證 據。此外,這些努力顯示礦物還有 其他更複雜的行為,也許對生命的 化學性質有重大的意義。過去的生 命起源研究者都將礦物當作堅固、 不變的東西,是讓有機分子組合的 穩定舞台,但是我們卻發現,礦物 在高壓熱水中會溶解。透過這樣的 www.sciam.com.tw 科學人 ◆ 黃鐵礦:提供生化反應所需的能量 過程,礦物中的原子和分子也會成 為太古濃湯中的反應物。  我們第一次發現礦物也可作為反 應物,是最近由科迪領導的催化實 驗產生的意外結果。正如我們事前 所預期,金囊中的簡單分子混合物 經過羰基化反應後,產生了十個碳 的癸酸,但是在生成物中也發現相 當數量的硫、有機硫化物、甲硫醇 及其他含硫化合物。這些物質中的 硫必然來自硫化鐵礦物。 更驚人的是,鐵也會被釋出,它 使金囊中的水溶液呈現出耀目的色 彩。礦物溶解之後,鐵會形成紅色 及橙色的有機金屬錯合物,這是因 為鐵原子受到各種有機分子包圍。 我們正在研究這些錯合物的活性, 搞不好它們可以當作酵素,催化有 機結構的合成反應。 礦物可以作為生物不可或缺的化 學成分,這並不令人意外。已知海 底熱泉會溶解、濃縮礦物,海底熱 泉附近會長出幾十呎高的巨大硫 柱,因為從海底噴出的熱水中含有 豐富的礦物,一旦熱水與深海的冷 水接觸之後,就會在成長中的柱子 上沉澱新的礦物層。然而,這些溶 解的礦物在生命起源故事中到底扮 演什麼角色,目前還不是很清楚。 但是,不論是什麼角色,都會使這 個故事更加有趣。 要是我們不再局限於「前生物時 期」的化學反應細節,就會覺悟 到,生命起源的過程實在是太複雜 了,絕對不可能是個單一事件。我 們必須假定它是一連串事件的結 果,每個事件都不怎麼起眼,但都 使早期分子的規則性與複雜度逐步 提升。第一步應該是合成基本的生 命組成單元;半個世紀來的研究已 發現,生命分子在好些地方大量製 造出來,在形成我們太陽系的星雲 中、海面上、海底熱泉附近。於 是,原始的地球陷入了「富人的窘 境」──分子種類之多,遠超過構 成生命所需。 後來在混沌中理出秩序,是礦物 所出的力。礦物首先圈住分子加以 濃縮,接下來是篩選並聯結這些分 子,因此也許便催化產生第一個有 複製能力的分子系統。這樣的系統 雖然還沒有組成我們目前所熟悉的 生物,不過已經展現出生命的基本 性質,具有複製能力的分子系統開 始大量使用環境中的資源。一旦有 分子因突變而產生略微不同的變 種,它們之間針對有限資源的競 爭,便會啟動分子之間的自然選擇 過程。具有複製能力的分子系統開 始演化,不可避免的,會變得更有 效率、更加複雜。 我們在卡內基學院的長程研究目 標是:證明簡單的化學步驟可以產 生有複製能力的分子系統,結果也 許是個與所有生物細胞都有關的代 謝循環分子。但科學家想要在實驗 室裡創造生命還早得很呢!地球上 的生命到底是透過哪些化學變化形 成?也許我們永遠都不能精確的證 明。不過我們可以確定的是,礦物 在生命起源過程所扮演的角色,比 科學家過去所想像的更複雜、更根 本。在探討生命起源的實驗中,要 是讓礦物扮演主角,研究人員也許 會更接近答案;畢竟,這是科學上 最古老的問題。 儲三陽,清華大學化學系教授。 科學人 ◆2002年1月號 90  Beginnings of Cellular Life. Harold J. Morowitz. Yale University Press, 1992. Origins of Life: The Central Concepts. David W. Deamer and Gail R. Fleischaker. Jones and Bartlett, 1994. Emergence: From Chaos to Order. John H. Holland. Helix Books, 1998. Biogenesis: Theories of Life's Origin. Noam Lahav. Oxford University Press, 1999. 礦物在生命起源過程所扮演的角色, 比我們過去想像的更複雜、更具關鍵性。

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  • 生醫材料(一):生物可降解材料- 科技大觀園- 科技部

    scitechvista.most.gov.tw/zh-tw/Feature/C/0/13/10/1/1758.htm
    2014年10月17日 - 相較之下PHA類高分子有較高的水解安定性、較廣的機械加工特性、較好的染色性與專一的光學異構性等優點,藉著控制基材製作的方式,可以 ...
  • 第6部:HPLC用仪器| Shodex China

    www.shodex.com/cn/kouza/f.html 轉為繁體網頁
    色谱柱通过光学异构性分离后,如果使用UV检测器检测,无法分辨哪一种为左旋性,哪一种为右旋性。使用旋光检测器就能很明确的区分。 29-7.蒸发光散射检测器
  • [PDF]理化-試題 - 103南台灣教師甄選

    te103.dcs.tn.edu.tw/103exam/理化科-試題.pdf
    (A) 光學異構性(Optical isomerism) (B) 配位異構性(Coordination isomerism). (C) 立體異構性(Stereoisomerism) (D) 鍵聯異構性(Linkage isomerism). 13.下列各錯 ...
  • [PDF]國立中央大學

    thesis.lib.ncu.edu.tw/ETD-db/ETD-search/getfile?URN=87621026...
    由 YC Wang 著作 - ‎2000 - ‎相關文章
    二苯乙烯是具有溶劑效應的光學異構性螢光發光團。其後近七十. 年來二苯乙烯的光學異構化現象越來越受到大家的注意。二苯乙烯具. 有順式與反式兩種結構異構物, ...
  • [PDF]构建“小”的艺术——从分子开关到分子马达* - 生命科学

    www.lifescience.net.cn/num3.asp?id=700 轉為繁體網頁
    2008年6月3日 - 它们的光学异构性。光致开关的可逆性是另外一个. 重要的问题,如图3D 所示,在简单的光操纵下,. 该分子开关能够进行许多次重复的开关过程,每 ...
  • polymer 分子結構具光學異構性,一個分子上同時具有醇基(-OH)與酸基(-COOH),但是要自身延伸聚合卻很困難

    [DOC]聚乳酸生物分解性纖維(PLA)
    www.techome.com.tw/technology/PLA.doc
    Lactic Acid學名2-hydroxypropanoic acid,分子結構具光學異構性,一個分子上同時具有醇基(-OH)與酸基(-COOH),但是要自身延伸聚合卻很困難,必需將適當比例 ...
     
    Lactic Acid學名2-hydroxypropanoic acid,分子結構具光學異構性,一個分子上同時具有醇基(-OH)與酸基(-COOH),但是要自身延伸聚合卻很困難,必需將適當比例的D/L異構体先在高度真空情況下裂解脫氫,形成環狀的二聚体(Dilactide),再用金屬觸媒將環狀打斷打開之,同時會脫水聚合成高分子量、直線狀的PLA polymer
     
    [PDF]手性毛细管色谱法测定人尿中美芬妥英对映体的含量及其在 ...
    www.chrom-china.com/fileup/PDF/1998050041.pdf 轉為繁體網頁
    由 姚彤炜 著作 - ‎被引用 5 次 - ‎相關文章
    具药∀其分子结构具有光学异构性在人体内主要通. 过两条途径代谢并存在着立体异构选择性∀大部分. 的Σ. 通过芳香基对位羟化生成无活性的χ 羟. 化产物χ. 与葡萄糖 ...
  • 鲁晓明 - 科研人物_北京市自然科学基金

    www.bjnsf.org › 创新人才 › 科研人物 轉為繁體網頁
    2012年4月16日 - ... 手性异构晶体的获得是非常罕见的、而该课题所得的三维笼状手性对映异构体还具有光学异构性和良好的磁性,得到了美国无机化学编审的好评。
  • optical isomerism, 光学异构性。富含对映体的配合物发出圆形的偏振光

    [PDF][应用纪要] - Waters
    www.waters.com/webassets/cms/library/.../720004503zh.p... 轉為繁體網頁
    具有光学异构性。富含对映体的配合物发出圆形的偏振光,可用于. 三维电子显示4。 多种异构形式为这些材料纯度评估以及理解发光设备故障机理所需. 的异构体的 ...
     
    [DOC]聚乳酸生物分解性纖維(PLA)
    www.techome.com.tw/technology/PLA.doc
    Lactic Acid學名2-hydroxypropanoic acid,分子結構具光學異構性,一個分子上同時具有醇基(-OH)與酸基(-COOH),但是要自身延伸聚合卻很困難,必需將適當比例 ...
     
    Lactic Acid學名2-hydroxypropanoic acid,分子結構具光學異構性,一個分子上同時具有醇基(-OH)與酸基(-COOH),但是要自身延伸聚合卻很困難,必需將適當比例的D/L異構体先在高度真空情況下裂解脫氫,形成環狀的二聚体(Dilactide),再用金屬觸媒將環狀打斷打開之,同時會脫水聚合成高分子量、直線狀的PLA polymer

    gauge chirality 異構性包括光學異構性和幾何異構性。光學異構性是指一種酶只能催化一對鏡象異構體中的一種,而對另一種不起作用。例如:精胺酸酶只催化^精胺酸水解生成

    [PDF][应用纪要] - Waters
    www.waters.com/webassets/cms/library/.../720004503zh.p... 轉為繁體網頁
    具有光学异构性。富含对映体的配合物发出圆形的偏振光,可用于. 三维电子显示4。 多种异构形式为这些材料纯度评估以及理解发光设备故障机理所需. 的异构体的 ...

     

    生物化学 - 第 60 頁 - Google 圖書結果

    https://books.google.com.hk/books?isbn=7302045305 - 轉為繁體網頁
    王希成 - 2001 - ‎Biochemistry
    这种异构性包括光学异构性和几何异构性。光学异构性是指一种酶只能催化一对镜像异构体中的一种,而对另一种不起作用。例如精氨酸酶只催化日精氨酸水解生成江 ...

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    生物化學 - 第 89 頁 - Google 圖書結果

    https://books.google.com.hk/books?isbn=9571136727 - 轉為繁體網頁
    希成·王 - 2004
    這種異構性包括光學異構性和幾何異構性。光學異構性是指一種酶只能催化一對鏡象異構體中的一種,而對另一種不起作用。例如:精胺酸酶只催化^精胺酸水解生成^鳥 ...

     


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    對映異構- 維基百科,自由的百科全書 - Wikipedia

    zh.wikipedia.org/zh-hk/对映异构
    對映異構體(英語:Enantiomer),又稱對掌異構物、光學異構物、鏡像異構物或對映異構體,不能與彼此立體異構體鏡像完全重疊。 互為鏡像(mirror images)的分子。
  • 立體異構- 維基百科,自由的百科全書 - Wikipedia

    zh.wikipedia.org/zh-hk/立体异构
    根據IUPAC金色書的定義,立體異構體是指具有相同原子連接順序,但原子在空間排列不相同的同分異構體。這種異構現象稱為立體異構。具有不同光學性質的立體異 ...
  • 光学异构_百度百科

    baike.baidu.com/view/531216.htm
    轉為繁體網頁
    为旋光性相反的两种不同的空间排列。当分子中一个碳原子(不对称碳原子,用*号表示)与四个不同的原子或原子团连接时,就可能有两种光学异构体或旋光异构体。
  • 旋光异构体_百度百科

    baike.baidu.com/view/1263877.htm
    轉為繁體網頁
    又称对映异构体,对掌异构物、光学异构物、镜像异构物或对映异构体,不能与彼此立体异构体镜像完全重叠。...

  • Biochemistry 血红蛋白是由 4 条肽链(两个 Q 和两个阳链)组成的。每条肽链都类似于肌红蛋白的肽链,都结合一个血红素。

    生物化学 - 第 58 頁 - Google 圖書結果

    https://books.google.com.hk/books?isbn=7302045305 - 轉為繁體網頁
    王希成 - 2001 - ‎Biochemistry
    ( 10 )血红蛋白是由 4 条肽链(两个 Q 和两个阳链)组成的。每条肽链都类似于肌红蛋白的肽链,都结合一个血红素。血红蛋白的脱氧( T )和氧合( R )构象在氧的亲和性方面 ...

    blue protein expression www.dxy.cn/bbs/index.html 核酸基因技术讨论版 蛋白质和糖学技术讨论版

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    2011年就是实现了人类培养细胞中1万个蛋白的鉴定),今年甚至有人实现human brain的1.6万蛋白的鉴定(一类细胞RNA大约也就是1.6万个,组织的RNA可能多一些)

    http://www.dxy.cn/bbs/topic/1046736?ppg=3

    2011年就是实现了人类培养细胞中1万个蛋白的鉴定),今年甚至有人实现human brain的1.6万蛋白的鉴定(一类细胞RNA大约也就是1.6万个,组织的RNA可能多一些)


    医科院蛋白中心有自制的等电聚焦干胶条,可以减少一些日常费用。proteomics_cams@yahoo.com.cn
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    向左向右
    会笑的竹子
    常驻站友

    2004-08-09 21:56 消息 引用 分享
    72楼
    各位高手就蛋白质组学技术方法已谈论的比较全面了!理解更深入一些了!

    对于对蛋白质组学的意义的置疑,我是这样想的:

    一切都是一个由量变到质变的过程!现在在差异比较之后可能后续的分析工作很繁琐细致,是高通量的“瓶颈”!看来又回到生化分析和单个蛋白的研究,似乎是“退”!但我个人认为是“以退为进”!对少数具体蛋白的研究有利于药物靶蛋白的筛选研究和透彻理解!而其附带效应是提供具体示例,作为将来高通量研究的基础!

    比如,对某种模式生物大量的蛋白的透彻了解(目前我认为对大部分蛋白都难以说有绝对的透彻了解),就对发现其共性和特性提供了可能!这时再借助生化知识、信息技术、仪器开发等综合应用,发现奇迹!

    也行结构同源性(比如三级结构的诱导)、作用过程相似性(同一家族蛋白识别方式)、合成修饰的关键因子(类似pcr中Taq酶一类的关键性因素)就这样被发现了!!

    够乐观吧!

    我很喜欢我们老师总爱引用的一句话:“退,足够得退,退到原始又不失重要性的地方”!
    cryptic
    常驻站友

    2004-08-10 10:55 消息 引用 分享
    73楼
    蛋白组学可以分为“完全蛋白组学”和“差异蛋白组学”,完全蛋白组学的意思就是类似基因组学的研究一样,把所有的蛋白都鉴定出来建成数据库,但目前的蛋白组学技术十分不成熟,所以不现实。因此,差异蛋白组学的现实意义就很大了,简单说就是通过比较“正常”和“异常”,处理前后....,得出有意义蛋白,鉴定就只能一个一个的来了。
    Jun_Haix
    常驻站友

    2004-08-10 13:06 消息 引用 分享
    74楼
    我的理解是蛋白组学不能说一点用处没有,有点象一些基础科学的研究,感觉上没有短期的效益,前一段时间在杭州开会,碰见ABI的副总,他提出的看法是无论什么组学,最终的目的都是分析一个BIOMARK,就象蛋白组学的研究,最后还是回到了某些关键性的蛋白上,前面所做的工作也就是辅助作用。所以看你课题的大小来决定你开展的实验规模。
    inwindangel
    常驻站友

    2004-09-01 11:01 消息 引用 分享
    75楼
    蛋白质组研究在国内已经成为一种时尚和潮流,从最近的蛋白质组大会的论文上可以看出,国内蛋白质组研究已经遍布生物学各领域,动物,植物,微生物,育种,繁殖,发育。而且还有一些试验技术的改进和探索。我觉得其实大家不要一窝蜂的把自己的研究成为蛋白质组研究,有的就是生物质谱而已。我觉得生物研究应该以试验目的为核心,围绕这个目的来选择试验方法作为工具。现在生物质谱用起来很方便,大家不妨结合原有的技术联用一下生物质谱,可能会起到意想不到的效果。
    蛋白质组研究并不是越大,越全则越好,试验思路好的话,瞄准一个小的目标,用生物质谱技术攻克,就能发一篇不错的文章。关键是思路。蛋白质组的优势是解决别的技术不能或者不好解决的问题,而不是万金油,哪都能抹一抹。
    haoyw
    铁杆站友

    2004-09-01 11:32 消息 引用 分享
    76楼
    我觉得蛋白质组学本身是有意义的,做蛋白质组是无可厚非的,是要做的,但不是一哄而上,蛋白质组现在是泡沫,有其国内的人都开始赶时髦,好多单位都要做,国家真有这么多钱吗?但最后做的怎么样?大家都可以看见,简直又回到50年代,大炼钢铁了! 我只是对目前这种科研状态表示忧虑.
    我觉得蛋白质组的意义在于分析一个细胞或组织在不同的生理状态下整个蛋白质的变化情况, 来全面了解蛋白质的的行为. 所以,蛋白质组必须走向定量化, 分析蛋白量的变化. 大家应该都知道国际上作蛋白质组最牛的人吧. 南丹麦大学的Matthias Mann, 他的研究基本上在引领蛋白质组的发展方向. 他最近发表了一篇文章是我上面观点的很好体现. 大家可以从附件下载看.

    antitative proteomics Nat-Biotech-matthias man.pdf(315.44k) 在线查看
    liaomf
    常驻站友

    2004-09-01 11:37 消息 引用 分享
    77楼
    本人虽是个门外汉,但也认为讨论这个问题的确很有必要。从各位的讨论中学到了不少东西。目前从未做过蛋白组学方面的研究,但可能准备在这一方面开展血管方面的研究作为本人的博士课题。
    cryptic写道:
    “蛋白组学可以分为“完全蛋白组学”和“差异蛋白组学”,完全蛋白组学的意思就是类似基因组学的研究一样,把所有的蛋白都鉴定出来建成数据库,但目前的蛋白组学技术十分不成熟,所以不现实。因此,差异蛋白组学的现实意义就很大了,简单说就是通过比较“正常”和“异常”,处理前后....,得出有意义蛋白,鉴定就只能一个一个的来了。 ”
    就我目前浅显的水平认识从“差异蛋白组学”进行研究比较有临床意义,也比较容易实现,通过比较正常组织和异常组织的蛋白差异,可以发现疾病的特异表达蛋白,这对于某个疾病的早期诊断或提供药物治疗的靶目标应该说具有重要的意义。
    Aegis
    常驻站友

    2004-09-01 20:39 消息 引用 分享
    78楼
    应该说做蛋白质组是一个历史的必然。我蛋白质是生命活动的具体执行者。从蛋白质入手上可以达到DNA,RNA水平,下可以和生理活动联系起来。
    完全的蛋白质组研究和差异蛋白质组研究其实是从两个方面走向一个终点。就如同爬山,一个从南坡爬一个从北坡爬。有了完全的蛋白组学我们可以知道一个生物正常发育。差异的蛋白组学可以让我们找到如何去应对各种不良因素的挑战(包括自然的和非自然的,包括动植物和人本身)
    onbridger
    铁杆站友

    2004-09-02 09:14 消息 引用 分享
    79楼
    司马不光
    呵呵,我想知道这段话是从那里考过来了,在这个话题下已经有至少三个人的贴子里出现了这段话。贴个原文联接吧。


    http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=1589227&sty=1&tpg=4&age=0
    我发的帖子里面有这段话的来处,至于是不是原创大家自己分析吧。你们讨论的也多半不出这个范围。
    onbridger
    铁杆站友

    2004-09-02 09:37 消息 引用 分享
    80楼
    我觉得大家似乎不是担心蛋白质组学的研究有无意义,而是都对蛋白质组学的研究进展过缓或者说伪“高通量”感到不满。我个人觉得抛开前人对各个体蛋白质的研究来谈纯粹的高通量有点不可思议,因为没有对个体蛋白质的研究谈何一个细胞甚至一个组织整体活性蛋白质的了解?更不必说各种活性蛋白质之间的互作了!所以这种时候谈功能蛋白质组条件未必成熟,而对表达蛋白质组进行研究是一种切实可行的策略。就像以前DNA序列的研究一样,后来出现的各种数据库都是总结的前人的工作不断充实和改进的结果,我想蛋白质组学的研究也应该是一个这样的过程,想一蹴而就是不现实的。像前面说的那个果蝇蛋白质组互作图,这是一篇很为人津津乐道的出色工作,我也看过,我觉得虽然可以肯定这个图只是一个大致,甚至以后会发现里面必然有不少错误,但是它并不妨碍人们把它看成一件出色的工作,它也确确实实代表了一种蛋白质组的研究策略或者说目标。个人认为现在研究单个的基因和单个的蛋白质对人类来说已经是一件很轻松的事情了,但是基因的调控机制和蛋白质之间的互作就另当别论了,而这也是人类最终解码生命奥秘和疾病治疗以及创造新的生命体的必须跨越的难题,任何一种新的技术,甚至还没有发现的将出现的技术,都是为了这一目标服务的,前人以及今人的工作也是为了以后的这一目标服务的。
    lishulong
    常驻站友

    2004-09-02 19:17 消息 引用 分享
    81楼
    蛋白质组学,很大程度上是一种或者一类技术,具体用这种技术研究什么以及发现什么有意义的信息,要看设计者的思路以及这项技术本身功底的深厚程度。就象是PCR,这个化时代的技术手段,给人们带来的不只是基因序列的扩增一样。
    hnzgzyc1978
    入门站友

    2004-09-03 21:29 消息 引用 分享
    82楼
    看了各位的高见,心里颇有感受,我认为蛋白质组学是生物技术发展到这一阶段的产物,目前关键的问题不是研不研究的问题,而是怎么样来改进研究方法更好的研究的问题
    jiangying304
    常驻站友

    2004-09-03 21:33 消息 引用 分享
    83楼
    对不起,必须纠正一下,蛋白质组研究的一个策略鸟枪法的英文名是shotgun,不是shortgun,蛋白质组专业的朋友们不能犯这个错误!
    hnzgzyc1978
    入门站友

    2004-09-03 21:57 消息 引用 分享
    84楼
    看了各位的高见,心里颇有感受,我认为蛋白质组学是生物技术发展到这一阶段的产物,目前关键的问题不是研不研究的问题,而是怎么样来改进研究方法更好的研究的问题
    lishulong
    常驻站友

    2004-09-04 20:01 消息 引用 分享
    85楼
    利用蛋白质组的手段,找差异,是其中的一个重要的方面。这种差异即体现在量上(表达量的高低),也表现在质上(有,或者无)。但是,仅仅是把蛋白质组研究局限于此,那就有失偏驳了。正如haoyw战友所说的,利用蛋白质组的手段,进行整体的分析蛋白的表达规律和行为特点,把细胞乃至集体的信息点(如,相互作用,信号通道等)以相对更加概括的手段连接起来,形成一个信息网络,或者说生活活动规律的信息有机体,这可能更是蛋白质组多追求的重要目标。诚然,蛋白质组发展还只是刚刚开始不久,很多新的技术手段还有待开发和完善,目前所能解决的问题可能还相对有限,但,把它放入科技发展的长河中一看,可能会对它发展的看法更加积极和乐观。 抛一砖。。。。。。。
    bioblue
    铁杆站友

    2004-09-05 14:39 消息 引用 分享
    86楼
    蛋白质组学的终极目标:搞清所有蛋白是如何 有序的 组织在一起的,然后分别合成,添加核酸糖脂...,“搅和搅和”,咦,造出一个人工细胞!Big SmileBig SmileBig SmileBig SmileBig Smile
    路过西词
    常驻站友

    2004-09-11 23:20 消息 引用 分享
    87楼
    xxnancy
    常驻站友

    2004-09-14 09:37 消息 引用 分享
    88楼
    任何一个时期都会有研究热点,目前这个热点就转移到了蛋白质组学,本人初入这一领域,对国内同仁对蛋白质组的热情、资金的投入着实感到惊讶!
    蛋白质组学想象的很有前景,但是它的技术手段并不成熟,现在动不动就研究整个器官的蛋白质组学,成功率究竟有多少?即使出来结果,它的可信度又有多少?通过分子量来推测千变万化的蛋白/肽我总感觉有点玄!单一的就这么玄,上千上万组合起来企不是更玄?我们真的有必要去凑这个热闹吗?而且从我们的国情考虑,研究差异可能比研究整个组学更有意义。以上是本人的陋见。
    天生我才
    铁杆站友

    2004-09-25 00:27 消息 引用 分享
    89楼
    就目前来说,蛋白质组学远没有想象的的那末神秘,只能作为一种手段,来发现某一生理条件下,某种蛋白的表达差异,进而用其他的分子生物学手段研究其功能。
    dididada
    铁杆站友

    2004-09-25 12:03 消息 引用 分享
    90楼
    用蛋白质组学可以进行很多的工作,不可否认是一种比较强大的研究手段。但这一手段有其优势,可从整体来对蛋白进行研究。也有其不完善的地方,忽略了单一蛋白的研究,也不能反映出具体蛋白质的功能,其核苷酸的表达调控状况等等。因此,应该借助与其他的方法一同进行。而这一方法应该与你的研究目的相一致。这才能显出蛋白质组学的作用与意义。
    jthe
    铁杆站友

    2004-11-19 12:42 消息 引用 分享
    91楼
    个人觉得蛋白质组学只是一种工具, 必须与特定的biology event结合起来才能更有意义,biology event包括的范围很广,如疾病,发育,衰老,代谢……
    如果把蛋白质组学的各种策略(如差异蛋白质组学,亚细胞蛋白质组学,翻译后修饰蛋白质组学以及蛋白-蛋白相互作用等等)与biology event相结合,相信还是很有前途的.
    bigboygong
    丁香园荣誉版主
    2004-11-21 01:32 消息 引用 分享
    92楼
    生命活动的本质是“蛋白机器”的有机组合。人类对于蛋白质的研究已逾百年,但以往的视角只是针对生命活动中某一种或某几种蛋白质,这样难以形成一种整体观,难以系统透彻地阐释生命活动的基本机制。蛋白质组学给了我们这个全面了解生命活动的机会。现在的蛋白质组学的研究的确存在一些问题,如:烧钱、结果不一定可靠。但随着科技的发展,蛋白质组学的研究将会显示出其的生命力。
    huaxiagan
    铁杆站友

    2004-11-21 01:54 消息 引用 分享
    93楼
    如果怀疑质朴的结果,那末用单抗鉴定的抗原同样值得怀疑;问题是蛋白之间完全相同的一定长度的序列段很少。
    neuronzhou
    常驻站友

    2004-11-21 11:26 消息 引用 分享
    94楼
    没有注意到,人们很容易将2D和蛋白质组混为一谈。其实它们之间的关系就象手枪和战役的关系一样,2D只不过是蛋白质组研究的手段之一。

    不错,2D和蛋白质组之间的关系就象手枪和战役的关系一样,但是请注意,目前的战役水平恰恰是处在用手枪做战的时候。就目前的研究水平来说,HPLC充其量也就是标枪。我同意你的大部分观点,但我认为2D在未来几年仍将在蛋白质组研究中扮演重要的角色,虽然它是蛋白质组研究中中的瓶颈,而且我相信随着科学界和一些大的医药巨头开始意识到蛋白质组研究的重要意义,这个瓶颈很快就会被打破。
    neuronzhou
    常驻站友

    2004-11-21 11:32 消息 引用 分享
    95楼
    没有注意到,人们很容易将2D和蛋白质组混为一谈。其实它们之间的关系就象手枪和战役的关系一样,2D只不过是蛋白质组研究的手段之一。

    不错,2D和蛋白质组之间的关系就象手枪和战役的关系一样,但是请注意,目前的战役水平恰恰是处在用手枪做战的时候。就目前的研究水平来说,HPLC充其量也就是标枪。我同意你的大部分观点,但我认为2D在未来几年仍将在蛋白质组研究中扮演重要的角色,虽然它是蛋白质组研究中中的瓶颈,而且我相信随着科学界和一些大的医药巨头开始意识到蛋白质组研究的重要意义,这个瓶颈很快就会被打破。
    haixialucy
    入门站友

    2012-04-06 10:50 消息 引用 分享
    96楼
    讨论的很激烈,咋没有了呢
    ptm2010
    铁杆站友

    2012-04-06 11:42 消息 引用 分享
    97楼
    相关疾病:
    蛋白质组学只是个新名词,用来概括综合以前和蛋白质研究有关的领域,使蛋白只科学的研究不再支离破碎,从而整合成一个相互联系,发展和全面的学科。 不要形而上学的认为这是个新学科。

    蛋白质的结构与功能: 包含一级结构的测序,蛋白质的修饰,蛋白质3D结构的解析及其功能关系。

    蛋白质功能研究: 主要是研究蛋白质的活性, 互作,和定位

    蛋白质的表达. 差异表达仅是蛋白组学的一个小小的领域。 蛋白质互作,定位,修饰是表观遗传学的

    这三者在不同的生命周期中, 疾病和治疗中的联系是很关键的。 以前的蛋白质研究比较孤立和片面, 很难形成一个整体的功能网络式的联系成一体。

    简单的作个比喻: 目前的癌症特征蛋白是差异表达, 但蛋白质的修饰在癌症的发生和死亡中有着举足轻重的表观遗传学的作用。 也许在表达上没有差异, 但如果在修饰上存在差异, 那么就是诊断和治疗,研究癌症机理的一个突破口。

    蛋白组学目的是在宏观上简单化,有助于再具体上给研究者提供思维上的联系,更好的发现问题和解决问题而不是复杂化。 如果是孤立的,那么就复杂化了。 蛋白组学就是蛋白质学科一目了然GPS和地图,具体你要到那一个地方,你还是要亲自跑, 不存在高深或优越的问题, 那是人的意识形态和科学无关。
    helloada
    入门站友

    2012-04-07 20:23 消息 引用 分享
    98楼
    可以用来删选标记物,但是的确很花钱。
    wxyu2006
    入门站友

    2012-09-30 20:00 消息 引用 分享
    99楼
    我觉得参与讨论的人员大部分并非真正的蛋白组方面的研究人员,其实proteome不仅有未来,而且可以实现基因组很多无法实现的新工作。MALDI-TOF相关的2D-gel已经属于过去式,早已经不是主流;当前的主流是LC-MS/MS,可以实现微量的蛋白组研究,同时LC-MS/MS的高通量最高可以鉴定到上万个蛋白(2011年就是实现了人类培养细胞中1万个蛋白的鉴定),今年甚至有人实现human brain的1.6万蛋白的鉴定(一类细胞RNA大约也就是1.6万个,组织的RNA可能多一些)。 不仅仅蛋白鉴定,定量蛋白组,目标蛋白组,修饰蛋白组,互作蛋白组,仪器改进,色谱优化(多级色谱组合),质谱信息分析,位置蛋白组,多肽组,down-top蛋白组,抗体组等等方向发展都是非常迅速的。
    keydy
    入门站友

    2013-11-11 01:12 消息 引用 分享
    100楼
    04年的一下子就到了12年,跨度很大,那么认识水平也不可同日而语。最近也在学习蛋白质组学方面的知识,只是觉得,蛋白质组学的研究不可能像基因组学研究一样,把图谱做出来,毕竟蛋白质在表达上时间和空间的差异很难完全让人无遗漏的捕捉。但庆幸的是,现在的分离纯化技术和质谱技术的普及能够加快这一领域的发展。希望和大家继续交流。
    jennysun301
    入门站友

    2014-11-21 10:14 消息 引用 分享
    101楼
    小猎一枚,很高兴得到关注,刚涉猎蛋白质组学领域,求指点。
    目前在为国内一个生物科技公司寻找蛋白质组学方向的专家,Title:蛋白质组学主管,带Team,5+ 工作经验,熟悉生物质谱、HPLC色谱等蛋白质组学实验仪器操作经验; 熟练的蛋白质组学数据处理与分析能力;People Management 经验
    如果有兴趣或者朋友有兴趣,请联系jennysun@21cnmanager.com
    求版主不删帖