自由能（
free energy）：是指在一个热力学过程中，系统减少的内能中可以转化为
对外做功的部分。是衡量特定的热力学过程中系统对外输出的
“有用能量”。可分为亥
姆霍兹自由能和吉布斯自由能。自由能是系统稳定性的量度
[62]。自由能计算也是研究
蛋白质与其配体相互结合和识别的重要方法
[63-64]，其数值的大小反应了化学反应自发
产生的方向。药物分子和生物分子的活性的评价是药物分子设计的核心问题，它们的
活性都是通过与受体大分子之间的相互作用表现出来的，所以受体和配体之间结合自
由能
(bindingafinity)评价是基于结构的计算机辅助药物分子设计的核心问题。根据热
力学原理，结合自由能和结合常数
K 存在定量的关系：ΔG=RTLnK。精确的自由能
预测能够大大提高药物设计的效率。
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