总之，分子动力学、分子力学、量子化学都是研究生物分子三维结构的理论计
算方法，它们各有其优缺点和适用范围
[57]，不同点是：量子化学是应用量子力学的原
理和方法研究微观分子的结构，研究对象是电子；分子力学是应用经典牛顿力学方程
来研究宏观大分子的平衡结构和能量，研究对象是原子，分子力学把原子看成是一个
质点；分子动力学是应用经典牛顿力学方程来研究宏观大分子的运动规律，研究对象
是不断运动的原子。分子力学方法相对于量子化学方法来说有三点优势
[58-61]：一是可
以处理大分子体系；二是可以在计算时附加上某些限制条件来改变能量表达式；三是
对系统的能量进行分解。但是分子力学是经典方法，不能用来计算电子的特性，要想
计算电子密度和
HOMO、LUMO 等性质必须用量子化学方法。相对于分子动力学，
分子力学方法不考虑体系随时间的演化，不需要用通过力场拟合的势能面来求解动力
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