光子在透明物质中的传播速度要小于其在真空中的速度。例如在太阳内核产生的光子在到达太阳表面的路程中要经过无数次碰撞,到达表面所需时间可达一百万年[39],而一旦辐射到太空中只需8.3分钟就可到达地球。基于经典电磁理论的波动光学对此的解释是光波的电场引起了物质内部电子的极化,极化场和原有的光电场发生干涉造成波的延迟,这种效应在宏观上表现为几何光学的折射率;而从光量子的角度来看,这个过程可以被描述为光子与处于激发态的物质粒子(准粒子,如声子或激发子)混合成为一个偏振子,偏振子具有非零的有效质量,这意味着它的运动速度不能达到光速。对于不同频率的光,在物质中的运动速度可能是不同的,这种现象叫做色散。偏振子的传播速度是光波的群速,是真正的光波能量的传播速度,由能量对动量的导数给出:
光子也能够被分子、原子或原子核吸收,引发它们能级的跃迁。一个經典的例子是视黄醛(C20H28O,见右图)的分子跃迁,这是由诺贝尔奖得主、生物化学家乔治·沃尔德和他的同事于1958年发现的。光子的吸收甚至能够打破化学键,例如氯的光解过程,这是光化学的研究主题。
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