和所有自發程序一樣，自組裝的發生會使系統達到
最低自由能的
狀態，自由能(A)與系統的能量(E)與熵(S)
有關，即
A = E –TS；系統能量愈低或熵愈大，該狀態
的自由能就愈低。系統的能
量主要與分子間作用力有
關，分子因引
力而進行規則排列，則系統之能量會降低。
而熵則跟系統的
“亂度”或排列組合方式的多寡有關，系
統
亂度愈高，其熵越大。由於自組裝通常會將系統轉化
成一個低
亂度的有序狀態，所以熵會下降，因此如何操
控分子間的作用
力(如加強分子間的引力)，使系統在自
組裝後能
量大幅下降，是誘導自組裝發生的一大關鍵
http://proj3.sinica.edu.tw/~chem/servxx6/files/paper_1158_1231743484.pdf
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