qmchem01 分子力学方法将复杂的作用势用键伸缩势能,键角弯曲势能,二面角扭转势能,库仑静电势能和范德华作用势的模型来描述,其中的各项参数是根据量子力学或者实验数据拟合而来的

由于蛋白质体系非常大,一般含有几千个原子以上,关于生物大分子的研究方法一般采用建立在原子-原子成对相互作用势基础上的经典力场方法。目前常用的分子力学方法有:AMBER, CHARMM, OPLS, GROMOS等等,分子力学方法将复杂的作用势用键伸缩势能,键角弯曲势能,二面角扭转势能,库仑静电势能和范德华作用势的模型来描述,其中的各项参数是根据量子力学或者实验数据拟合而来的。由于分子力场简易性,它可以直接和快速的计算分子之间的相互作用,已成功的应用于各类分子体系的研究。但是,这些力场方法存在重大的缺陷,由于生物分子一般处于溶液环境,在水溶液中极化的效应是非常显著的。在分子力学计算中将电子运动忽略,将系统的能量视为原子核位置的函数,自然不能处理有很强电子效应的体系,比如不能描述键的断裂和形成,重要的是它一般不包括极化的影响。 只有量子化学理论能够克服传统分子力场的缺陷。然而由于计算条件的限制,处理像蛋白质这样的生物大分子,直接运用量子化学方法是不可能的。为了把量子化学方法运用到蛋白质或其他的生物大分子中,在过去的几十年里发展了多种线性标度的量子化学方法,主要有分而治之方法(D&C),调整密度矩阵近似方法...

Due to a large number of atoms in protein, force field method which is built with relatively simple atomic pairwise functions is the main method for studying the macromoleculars like proteins. Current standard force fields include AMBER, CHARMM, OPLS, GROMOS and et at. According to force field methods, the complicated interaction is simplified to be the combinations of bond stretch, angle bending, dihedral terms, the Coulomb electrostatic and VDW interactions. Parameters for these potential energy terms are...