核反應中，只是原子核的質子與中子重組而已，質子與中子並沒有消失，所以質量數不滅。就像化學反應中，只是原子重組而已，所以原子不滅。
你可能會很困惑，如果質量數不滅，那E=mc^2又表示什麼？質量數不滅，不代表質量不滅，質量數都是正整數，代表質子與中子個數，而質量是實數，可以有很多位小數，會因質子與中子的結合而增減，這種質量的增減，相較於質子與中子質量很小，是由於中子－中子、中子－質子、質子－質子鍵結能量變化而產生，如果核反應前後為吸熱反應，表示被吸入的能量轉換為能量，若為放熱反應，表示原子核中的某一小部份質量被轉成能量（原子彈爆炸），核反應也像化學反應一樣有鍵結的破壞與產生，也有放熱與吸熱，只是吸收與釋放的能量是由質量的增加或減少來表示。
以下是中子撞擊鈾２３５產生核分裂反應的反應式，可幫助你瞭解核反應中的質量與質量數變化：
１ ２３５ １４３ ９０ １
ｎ ＋ Ｕ －＞ Ｂａ ＋ Ｋｒ ＋ ３ ｎ
０ ９２ ５６ ３６ ０
上式各元素中，上方的數字代表原子量，下方數字代表原子序，ｎ為中子。
不論從原子量或原子序（質子質量數）看來，都是守恆的，但是精確的原子質量數字為：
U = 235.043924; Ba = 142.920483; Kr = 89.919528; n = 1.008665
因此，核反應前後的質量差為
(1.008665 + 235.043924) - (142.920483 + 89.919528 + 3 x 1.008665) = 0.186583
差不多是一個中子質量的18.6%，是很小的數字。如果硬要追究是哪裏的質量消失了，只能概括地說是原子核的質量減少了（因為鍵結改變而釋出能量，釋出能量＝釋出質量，但釋出的質量不到一個質子或中子那麼多。），鈾原子核質量 = 235.043924 > 235 = 質量數，鋇原子核質量 = 142.920483 < 143 = 質量數，氪的情況與鋇相同。也就是說，核反應消失的質量並不是因為中子或質子消失，反應前後質子數與中子數（正整數）還是守恆（那些正整數自己加一加就知道了），消失的質量是因為原本「凝結」成質量的能量被釋放出來。
中子就是中子，質子就是質子，並沒有分大小，而原子核內並不單純只有中子和質子。你沒有有想過？質子都帶１正電，一堆質子被侷限在原子核那麼小的地方，為何不會正正相斥？顯然有某種力量克服質子間的斥力，將質子們拉在一起，這個東西稱為「膠子」，似乎是可轉變成能量的質量，核分裂是膠子消失，所以減少一些質量。
- 2011-04-20 21:16:32 補充多謝指正，抱歉記錯了，質子與質子間的作用力是強作用力，強作用力在原子核的尺度內，強過電磁力，所以能克服質子間的正正相斥，將質子束縛在原子核內，質子與質子間的強作用力，是透過介子的交換達成的，而膠子是夸克與夸克之間的強作用媒介。質子與質子間的束縛能與介子有關，消失的質量來自於介子的質量消滅。
CODE2501大師所附的網頁只定義質量缺陷（mass defect）的計算方式，並指出受束縛與不受縛的核子質量不同，但沒有說明質量缺陷的原因。 - 2011-04-25 12:45:39 補充可以這麼想：兩個相斥的粒子（質子－質子正正相斥），因某個強大的作用力而靠得很近，其中必有極大的位能，此能量以質量的型態儲存起來，所以重原子核的質量較大，若重原子核被擊破，成為兩個較小的原子核，則必有一部份能量被釋放出來，也就是一部份質量轉換成為能量，所以兩個小原子核的質量和，小於原本的重原子核。
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