dna01 蛋白質三維結構 在對 Protein Dank Bank *眾多結構加以歸類分析之後,的確發現近年new fold *數目成長有減緩的趨勢

*、三級結構分類


*多人相信,蛋白質以序列來看雖然有數百萬到數千萬種,或甚至更多,但其三維結構
*過相似性歸類之後,其實真正可具代表性的*構的數目,或稱其折疊方式(fold),卻應該

*遠小於這樣的數目。在對 Protein Dank Bank *眾多結構加以歸類分析之後,的確發現近年

new fold *數目成長有減緩的趨勢。這個觀察,也成為在蛋白質三維結構預測的理論基礎之


*。由於蛋白質的結構與功能有極大的相關性,因此有些研究機構便專門研究如何來對蛋白

*的結構來做解剖與分類。

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*級結構預測

*白質三維結構預測主要有三大類*式:第一類是利用同源(homology)的觀念,即序

*比較的方式,來做未知結構的模型,著名的代表有 SDSC1,(http://cl.sdsc.edu/hm.html


)*
CPHmodels(http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/

)*SWISS-MODEL (http://www. expasy.

ch/swissmod/SWISS-MODEL.html)*ModBase (http://alto.compbio.ucsf.edu/ modbase-cgi/index.

cgi);**類則是用所謂縫製(threading)**法,*將序列*縫」*各個已知的蛋白質三維

*結構,再計算並比對出最佳的對映方式,著名代表則有 LOOPP(Learning, Observing and


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第***整合蛋*質*學的生*資*工具
 Outputting, Protein Patterns, http://ser-loopp.tc.cornell.edu/ loopp.html)*123D(http://123d.ncifcrf.

gov/ run123D+.html)*PROSPECT(PROtein Structure Prediction and Evaluation Computer Toolkit,

http://compbio.ornl.gov/structure/ prospect2/ command.html)*UCLA/DOE Fold Server(http://fold.

doe-mbi.ucla.edu/);**類則是完全不依賴已知的蛋白質結構所做的所謂第一原理(ab initio)

*測,*代表則有 HMMSTR/Rosetta(http://www.bioinfo.rpi.edu/~bystrc/hmmstr/server.php)等

*,另外有些如 LINUS*MONSSTER *些第一原理預測的程式等則尚未公開程式碼或提供

*站服務。

*、細胞膜蛋白預測

*胞膜蛋白因為表現量很少,加上結晶條件不容易找到,所以雖然目前在 Protein Data

Bank *以有大約三萬個蛋白質結構被建檔,*是其中膜蛋白所佔比例卻不到百分之二

蛋白質體學 - 陽明大學

www.ym.edu.tw/icm/Textbook%202.pdf‎

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之一，是以快速的方式進行系統性的蛋白質分析，為配合這門學問的. 快速成長 ...... 修飾作用會如何影響蛋白質的構型等，都必須再作進一步的研究。值得慶幸 ..... 經過相似性歸類之後，其實真正可具代表性的結構的數目，或稱其折疊方式（fold），卻應該.

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多尺度科学: 面向21世纪的挑战* - 力学进展

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由 J Glimm 著作 - ‎1900

对于气候学冢和气象学家来说麒在大气环流模拟中计算网格尺度的典型数量级 ... 在经典连续介质物理学范围内， 一种求多尺度问题的通用方法体系正在出现如果一个 ... 对基本方程引入初始数据的统计系综之后, 方程的解是随机性的， 且的系综保留了 ...